En 1620, los nobles checos fueron pulverizados por los magiares y Eslovaquia volvió a formar parte del reino de Hungría. La conquista, por parte del Imperio Otomano, de la Hungría central, acrecentó la influencia magiar en Eslovaquia. Los nobles húngaros, huyendo del poder turco, se instalaron en los pueblos eslovacos y transformaron las instituciones a la usanza húngara. 9 En el siglo XVII el dominio turco en Hungría fue reemplazado por el de la Casa de Habsburgo. A fines del siglo XVIII, el emperador José II alteró el reino de Hungría al germanizar la burocracia y limitar el poder de las autoridades húngaras. Esto abonó el terreno para que los eslovacos recordaran su origen eslavo y sus vínculos culturales con los checos.

La fiebre nacionalista que asoló Europa a partir de las Guerras Napoleónicas también llegó a los territorios dominados por la corona austríaca, y el nacionalismo eslovaco entró en conflicto con el húngaro. En 1834, el magiar reemplazó al latín como lenguaje jurídico. En 1848 los eslovacos, aliados con checos y alemanes republicanos, se levantaron en armas contra los magiares, quienes a su turno se habían rebelado contra los austríacos. Dentro de este período, los eslovacos tomaron control sobre su enseńanza secundaria y fundaron su primera sociedad científica, la Matica Slovaka.

A finales del siglo XIX, las autoridades húngaras eliminaron la lengua eslovaca de la vida pública, que fue reemplazada por el magiar. Los líderes eslovacos, especialmente los editores de periódicos, fueron perseguidos y muchos de ellos encarcelados. En 1907, la ley Appony transformó las escuelas primarias eslovacas en magiares.

En 1914, la Primera Guerra Mundial dio oportunidad a los eslovacos de abrazar la causa de los aliados, que combatían al Imperio Austro-Húngaro. Decenas de miles de soldados eslovacos, que habían sido forzados a servir en el ejército húngaro, se pasaron al bando de los aliados. En 1915, la Alianza Checa y la Liga Eslovaca (de Estados Unidos) llegaron en Cleveland a un acuerdo por el cual proclamaban la liberación de las naciones checa y eslovaca y su unión federativa, con completa autonomía para Eslovaquia. Esta última debería contar con su parlamento, administración y con el eslovaco como lengua oficial de su estado.

Una vez finalizada la guerra en 1918 con la victoria aliada, los esfuerzos nacionalistas dirigidos por el doctor eslovaco Thomas G. Masaryk -hijo de un cochero eslovaco y de madre germano-morava-, del científico Milan Stefanik, un eslovaco residente en el extranjero, y del checo Eduard Benes, conjugados con las fuerzas opositoras en tierras checa y eslovaca, condujeron a la creación de la República de Checo-Eslovaquia, el 28 de octubre de ese ańo.
En noviembre, Masaryk, quien había prometido respetar los derechos de las minorías germana y húngara, fue elegido presidente de la nueva república, posición que habría de mantener hasta 1935 (ver historia de República Checa). Durante todo su gobierno, y también durante el de su sucesor, Benes, los eslovacos se sintieron relegados dentro de un estado, centralizado por los checos, que no les daban participación equitativa.

La toma de los Sudetes por parte de Alemania en 1938 provocó la renuncia de Benes -quien se exilió en Londres- y la ocupación de Checoeslovaquia por las fuerzas nazis en 1939 pusieron un paréntesis en la historia de la república (ver historia de República Checa). Checoeslovaquia fue desmembrada. Bohemia se convirtió en una provincia alemana y la Rusia Carpaciana fue tomada por los húngaros. En marzo de 1939 se proclamó la independencia de Eslovaquia, convirtiéndose en los papeles en un estado libre, con un presidente, Joseph Tiso, que era títere de Hitler.

Después de la victoria aliada en 1945, y contando con la presencia de fuerzas soviéticas en su territorio, Checoeslovaquia volvió a consolidarse con el retorno del exilio del gobierno de Eduard Benes, quien continuó como presidente. La unidad de la república fue garantizada por su pertenencia al bloque soviético (ver República Checa) hasta que, con la caída del régimen soviético y de su sistema de alianzas, en 1991 los pueblos checo y eslovaco decidieron escindirse.
Michal Kovak fue electo presidente de la nueva república de Eslovaquia el 15 de febrero de 1993. Vladimir Meciar, líder del MED y artífice del proceso de escisión, fue elegido primer ministro.