Meciar protagonizó una administración polémica; re-estatizó el diario Smena, e impuso en la televisión un espacio diario obligatorio para la divulgación de mensajes gubernamentales. Además, se opuso al parlamento cuando éste aprobó la enseńanza de la lengua húngara en las escuelas, exigiendo Meciar el cumplimiento de una vieja ley que obligaba a las mujeres húngaras a agregar a su apellido el sufijo "ova", como los nombres eslovacos.

Jozef Moravcik fue nombrado primer ministro en marzo de 1993. El nuevo gobierno de coalición fue erigido con dos objetivos principales: mantener fuera del poder a Meciar y aceptar los principios generales de la democracia europea. Sin embargo, las diferencias internas de la coalición debilitaron este proyecto y, en las elecciones de octubre de 1994, tras obtener el 35% de los votos, Meciar reasumió como primer ministro y canceló la política de privatización iniciada por su antecesor.
A fines de 1997, cinco partidos opositores fundaron la Coalición Democrática Eslovaca (SDK) y firmaron un acuerdo con Coexistencia. El presidente Kovak, que ya tenía relaciones tensas con Meciar, se sumó a las críticas contra el primer ministro, instándolo en enero de 1998 a mejorar las relaciones con Estados Unidos y la Unión Europea. Tras su derrota en las elecciones parlamentarias, Meciar renunció y los dos principales partidos opositores, la Oposición Democrática Eslovaca y la Izquierda Democrática, formaron un nuevo gobierno en octubre, con Mikulás Dzurinda como primer ministro.

En repudio a la discriminación, cerca de mil gitanos eslovacos pidieron asilo en Finlandia en julio de 1999. El Presidente Schuster reconoció la legitimidad del reclamo. El gobierno, que tomó medidas inmediatas para mejorar la situación de esta minoría y evitar así éxodos masivos, en julio de 2001 expresó su "profundo pesar" por la muerte violenta de un gitano que estaba detenido en una estación policial y prometió que los culpables serían sometidos a la justicia.
Los gobiernos checo y eslovaco alcanzaron un acuerdo en noviembre que ponía fin a las diferencias financieras producto de la separación. Praga prometió entregar cuatro toneladas y media de oro a Bratislava y reconoció tener 1.500 millones de dólares de deuda con Eslovaquia.

El parlamento aprobó en febrero de 2001 importantes reformas a la constitución, conducentes a lograr su integración a la UE y la OTAN. La nueva constitución descentraliza el poder, otorga más poderes a la oficina que controla y audita al estado y fortalece la independencia del poder judicial. Inmediatamente Rusia hizo saber que reprobaba la posible integración de Eslovaquia a la OTAN, buscando mantener la organización lo más alejada de sus fronteras.
En abril de 2002, la Unión Europea suspendió su ayuda financiera a Eslovaquia, expresando dudas sobre el uso que se la estaba dando a la misma. El anuncio fue hecho luego de la renuncia, por acusaciones de corrupción, de Roland Toth, funcionario eslovaco a cargo de los fondos. La suspensión significó un duro golpe para las intenciones eslovacas de integrarse a la UE.