A partir del carbono incorporado ahora los individuos van a tener que por un lado sintetizar todas aquellas moléculas que necesitan, sean estos glúcidos, lípidos y proteínas .Al mismo tiempo que degradarlas con el fin de obtener energía. Todos estos procesos de síntesis y degradación se encuentran perfectamente coordinados en aras de obtener en todo momento las cantidades justas de cada una de ellas. Se trata de equilibrio entre ellos. Según esto podemos definir como metabolismo de un ser vivo, metabolismo de una célula, al conjunto de reacciones químicas que tienen lugar en su interior. Las reacciones dirigidas a la elaboración de sustancias (materia orgánica) se le conoce como anabolismo y a las reacciones dirigidas a la destrucción de materia, catabolismo.

En los procesos catabólicos se obtiene la energía (ATP) que será necesaria en los procesos anabólicos. Tanto las reacciones anabólicas como catabólicas que forman las distintas rutas metabólicas están catalizadas por encímas. Hay mucho variedad de reacciones:

Reacciones de oxidación reducción (reacciones redox): Son las reacciones en las que una sustancia se oxida y otra se reduce. La oxidación y reducción se produce por intercambio de electrones entre ellas, la sustancia oxidante va a ganar electrones mientras que el reductor los pierde.

Reacciones de hidrólisis: La hidrólisis supone el desdoblamiento de una molécula inicial en sustancias más pequeñas. En las hidrólisis interviene el agua desarrollandose en un medio ácido o básico, hablando de hidrólisis ácida o básica.

Reacciones de polimerización: Unión de moléculas para formar una mas grande, no confundir con la condensación, en esta última se unen dos sustancias para formar una tercera, mientras que en la polimerización la molécula final resultante estará formada por muchas más pequeñas.

Reacciones de esterificación: Intervienen un ácido más un alcohol; el resultado es un ester. La reaccion química transcurre entre el hidroxilo del alcohol (OH) y el carboxilo del ácido (COOH).

Estas reacciones son solo un ejemplo, hay muchos otros tipos de reacciones.