El resultado de estos conflictos fue que el emperador germánico Federico II confirmó en 1212 por la Bula de Oro Siciliana solemnemente el cáracter de Bohemia como reino autónomo y el derecho de sus reyes a la dignidad de Príncipes Electores sel Sacro Imperio.
En este período el Estado checo alanzó se mayor poderío bajo el gobierno de Přemysl Otakar II, quien al poder de sus armas unía grandes riquezas procedentes de la explotación de las ricas minas de plata de Bohemia. De aquella época proceden numerosos castillos de la nobleza checa, conservados hasta nuestros días.
El último rey de la estripe de los Premislitas, Venceslao III, fue asesinado en Olomouc en 1306. Luego de un interregno de varios aňos resultó elegido rey de Bohemia Juan de Luxemburgo, hijo del emperador alemán. El nuevo rey, comprometido siempre en arriesgadas empresas de guerra, dejó el gobierno del país en manos de la alta nobleza.
Después de la muerte de Juan de Luxemburgo subió al trono su hijo Carlos I. Durante se gobierno Bohemia conoció el període más brillante de su historia. Carlos Primero fue elegido Emperador del Imperio Romano Germánico adoptando el nombre de Carlos IV. La capital de Bohemia, Praga, se convirtió en la capital del Imperio. El emperador Carlos, además de extender los confines del Estado checo, favoreció tambien la cultura y la economía del país. Praga fue hermoseada por numeros monumentos arquitectónicos (el Puente de Carlos, la Catedral de San Vito), y además, con la fundación de la primera universidad en la Europa Central se convirtió en un importante centro cultural.
Sin embargo, el afán de riqueza de los nobles y de la iglesia empeoró la explatación y la misteria de los súbditos (siervos de la gleba). Especialmente el comportamiento de los dignatarios eclesiásticos, que poseían la tercera parte de toda la tierra de Bohemia, provocó una amplia oposición dirigida contra la Iglesia. Un maestro de la Universidad praguense, Juan Hus, empozó a criticar duramente en sus prédicas la sed de riquezas de los prelados y del alto clero, a la descomposición moral de los sacerdotes. Sus doctrinas de reforma de la Iglesia y su apelación al nacionalismo checo movilizaron a las grandes masas del pueblo, la burguesía y la pequeńa nobleza. Cuando Juan Hus se dirigió abiertamente contra la venta de las indulgencias, fue excomulgado por el Papa y más tarde citado al Concilio de Constanza para justificarse. El consilio pidió a Hus que se retractara de sus doctrinas y, al rehusarlo éste, lo llevaron, como hereje, a la hoguera en presencia y con aprobación del emperador Segismundo, quien, meses antes, le extendiera un salvoconducto asegurando su vida.
La noticia del martirio de Juan Hus provocó una inmensa indignación en los países checos. Bajo el símbolo del cáliz el pueblo empezó a prepararse para la lucha armada en defensa de las ideas humanistas de Hus. Se inició la época más heroica de la historia del pueblo checo.