Svolse gli incarichi più impegnativi della sua intensa attività architettonica civile sia nella capitale che in piccoli centri del Lazio. Però furono le grandi realizzazioni nel campo della progettazione di edifici religiosi a esercitare grande influenza sulle generazioni successive. Chiesa del Gesù (1568-71?) - elaborò una tipologia che ebbe grandissima fortuna e divenne il prototipo delle chiese della controriforma. La fece per ordine dei Gesuiti. Concepì un organismo a un’unica navata, con volta a botte relativamente limitata nello sviluppo longitudinale, ma di notevole ampiezza. Il transetto concluso da una solenne e luminosa cupola e contenuto nella larghezza da cappelle laterali. Riuscì a fondere in un unico organismo sia il tipo di chiesa a pianta centrale, privilegiata dal classicismo sia quella longitudinale tipica della tradizione cristiana.
La Facciata della Chiesa del Gesù (1571-84), con cui veniva inaugurata un altra fortunatissima tipologia per l’architettura religiosa successiva, fu portata a termine da un seguace di Vignola, GIACOMO DELLA PORTA (1533- 1602) uno dei più prestigiosi e attivi architetti degli ultimi decenni del secolo. Aveva fornito agli architetti un sistema di norme chiaro e accessibile, in sintonia con le istanze culturali di cui furono portatrici le istituzioni accademiche- nel trattato Regola dei cinque ordini di architettura (1562). La villa è luogo destinato al ritiro meditativo o allo svago ed è vissuta in antitesi ai disagi o alle preoccupazioni della vita cittadina. Villa suburbana- feste e brevi soggiorni di famiglie abbienti
Villa rustica- dove si dedicavano alle attività agricole vere e proprie- è in aperta campagna
Le ville d’Italia settentrionale conservavano quasi sempre un qualche legame con le necessità produttive. Le ville costruite nella vicinanza di Roma sono di tipo diverso, cono fatte per i grandi dignitari ecclesiastici e le loro famiglie. Sono soprattutto esibizione di fasto e di potere. Si differenziano dalle ville dell’Italia settentrionale (soprattutto venete) perché si articolano secondo una logica più complessa e presentano magnifici giardini.