Agli inizi del 1945, due mesi prima della liberazione di Praga e nell'imminenza dell'avanzata russa, fu formato a Kosice un governo cecoslovacco. La seconda Cecoslovacchia, costituita dopo la guerra, avrebbe dovuto avere carattere federale, ma con la salita al potere dei comunisti nel febbraio 1948, l'amministrazione fu ancora una volta concentrata a Praga. Molti di coloro che si opposero alla nuova dittatura comunista furono spietatamente eliminati, torturati o fatti morire di fame nei campi di lavoro. Sebbene la costituzione del 1960 garantisse a Cechi e Slovacchi pari diritti, solo le riforme della 'Primavera di Praga' del 1968 introdotte da Alexander Dubcek rafforzarono questo concetto. Nell'agosto del 1968 le truppe sovietiche intervennero per sopprimere le riforme democratiche e nonostante Repubblica ceca e Slovacchia fossero teoricamente membri paritari della confederazione, il potere restò a Praga. La caduta del comunismo in Cecoslovacchia nel 1989 portò alla rinascita del nazionalismo e a tumulti per ottenere l'autonomia della Slovacchia. Dopo l'elezione del nazionalista Vladimir Meciar nel giugno 1992, il parlamento slovacco votò per dichiarare la propria sovranità e la federazione fu sciolta pacificamente il 1° gennaio 1993. Meciar fu sfiduciato come primo ministro nel marzo del 1994 a causa della recessione economica e delle sue tendenze sempre più autoritarie, ma dopo le elezioni effettuate alcuni mesi più tardi egli riuscì a formare un nuovo governo di coalizione. Sorprendentemente, l'economia è migliorata dal 1999, ma il governo semi-autoritario di Meciar ha attirato critiche in altri ambiti. Esiste una legge volta a proteggere la Repubblica che prevede l'arresto di chiunque critichi il governo, inoltre i mezzi di informazione sono sotto stretto controllo. Lo slovacco è stato dichiarato unica lingua ufficiale, questo significa che la cospicua minoranza ungherese è diffidata dall'usare la propria lingua madre nei luoghi pubblici. Le seconde elezioni della storia della Repubblica slovacca si sono tenute nel marzo 1998, ma nessun candidato è riuscito ad aggiudicarsi la maggioranza richiesta dalla legge. Rudolf Schuster, del partito SOP, ha poi vinto le successive elezioni presidenziali nel maggio 1999, che lo vedranno ricoprire la carica di presidente per un periodo di cinque anni.