Národní program 2000 je na jedné strane rozsáhlejší než verze predešlé, což vypovídá o pozitivním trendu k detailnejšímu propracovávání definovaných priorit, avšak na strane druhé byly v zájmu omezení rozsahu dokumentu, jisté základní ale obecné prvky z Národního programu prípravy CR na vstup do EU vynechány. Národní program 2000 by mel být považován za flexibilní dokument. To znamená, že se mohou vyskytnout jisté odchylky v dodržování stanovených priorit, které ale nesmí platnost Národního programu zpochybnit.