Ďalšou z príčin môže byť neschopnosť úverových úradníkov v bankách prípadne ich nezáujem o stav banky. V prípade veľkých bánk ako Slovenská sporiteľňa a VUB bol v tejto dobe aj veľký vplyv štátu, ktorý mal tiež zlý vplyv na banku a štruktúru jej úverov. Rozhodovanie bolo totiž často politické. Snaha bánk o ozdravenie bez pomoci štátu nepriniesla úspech aj preto, že čoraz väčšie percento z ich úverového portfólia tvorili nedobytné pohľadávky a nesplácané úvery.

V tom čase už začala vláda pracovať na reštrukturalizácii slovenských bánk. Jej omeškanie však spôsobilo čoraz horšiu finančnú situáciu bánk, narastanie klasifikovaných úverov, znižovanie cien, ktoré by mohol štát získať z privatizácie, so znižovaním trhového podielu a extrémne nízke kapitálové vybavenie bánk. Omeškanie o 5 – 6 rokov zvýšilo nedobytné úvery bánk z 15 miliárd na 105 miliárd korún, čím sa náklady na ich reštrukturalizáciu zvýšili na 124 mld. korún. Štát vynaložil na reštrukturalizáciu vysoké náklady, ich vrátenie však nemohol očakávať z privatizácie. Keby to tak bolo, mohli by banky reštrukturalizovať sami zahraniční investori. Toto napríklad urobili Česi v prípade ČSOB, kedy vláda odmietla ozdraviť banku a radšej ju predala za oveľa nižšiu cenu. Najhoršie na tom pred reštrukturalizáciou bola VUB a IRB. Štát stála reštrukturalizácie bankového sektora 5 – 8 mld. korún ročne, pričom náklady štát rozdelil na 10 rokov. Reštrukturalizácia úverového portfólia vytvorila podmienky na zvýšenie výkonnosti opatrení menovej politiky. Prvá etapa reštrukturalizácie bankového sektora začala v polovici roku 1999 krokmi v IRB. Po navýšení základného imania v štátom kontrolovaných bankách došlo k presunu časti sporných úverov do Konsolidačnej banky. Úrokové sadzby sa síce znížili a banky mali dostatok voľných zdrojov, poskytovanie úverov ale viazlo. V druhej fáze došlo následne k finančnej reštrukturalizácii bankového sektora a po ozdravení sa začala privatizácia najdôležitejších slovenských bánk: Slovenskej sporiteľne a Všeobecnej úverovej banky. Pred reštrukturalizáciou vlastnila SLSP a VUB asi 40 percent bankových aktív, ale fungovali bez dostatočného bankového kapitálu. V prvom štvrťroku 2000 došlo k odsunu troch štvrtín nesplácaných úverov v nominálnej hodnote približne 68 miliárd do Konsolidačnej banky a Slovenskej konsolidačnej agentúry. Cieľom reštrukturalizácie bolo, aby miera kapitálovej pripravenosti bánk dosiahla medzinárodný štandard 8 percent a miera klasifikovaných úverov klesla pod 20 percent. Reštrukturalizácia bankového sektora bola potrebná aj pre prechod k trhovému hospodárstvu.