Podľa vyjadrení predstaviteľov VUB počas reštrukturalizácie, bola privatizácia tejto banky najväčšou prioritou. Dôležité boli hlavne tri oblasti. Zlepšenie likvidity banky vzhľadom na to, že už pri svojom vzniku bola VUB závislá od zdrojov iných bánk. Banka tento problém riešila získaním primárnych a teda stabilnejších zdrojov. Banka v tomto čase obmedzila aj svoje investície na aktívnej strane bilancie, čo jej pomohlo znížiť celkovú závislosť zdrojov na približne 7 mld. korún. Druhou dôležitou oblasťou bolo riešenie otázky úverového portfólia. Banka založila odbor kontroly úverov, ktorý mal za úlohu denne monitorovať kvalitu úverového portfólia a tiež založila divíziu riadenia pohľadávok, ktorá sa zaoberala výlučne problémom klasifikovaných úverov. Treťou dôležitou oblasťou je hospodárenie banky. Banka sa v rámci prípravy na privatizáciu pokúšala znižovať náklady. Hoci VUB začala znižovať náklady prepúšťaním zamestnancov, stále bola najväčším zamestnávateľom v bankovníctve, lebo zamestnávala až 32 % ľudí z bankovníctva. Hoci znižovala až do privatizácie počet zamestnancov, naďalej v tom pokračoval aj strategický zahraničný investor. V prípade Slovenskej sporiteľne prebiehala reštrukturalizácia veľmi podobne. V decembri 99 vzrástol kapitál banky o 4,3 mld. korún a kapitálová primeranosť klesla na 8 percent. V rovnakom období boli z tejto banky presunuté klasifikované úvery v hodnote 22,8 mld. a tieto úvery boli nahradené úverom so štátnou zárukou. V druhej faze Slovenská sporiteľna preniesla ďalšie úvery vo výške 12,9 miliárd a ako od štátu získala záruku na úver vo výške 9,6 mld. Rozdiel bol pokrytý rezervami. Počas finančnej reštrukturalizácie uskutočnila aj Slovenská sporiteľna viacero zmien. V roku 1998 bol do sporiteľne dosadený nový manažment a o rok na to, začal prebiehať proces znižovania nákladov, reorganizácie pobočkovej siete, auditu technologického vybavenia, prehodnotenia aktív a proces zavedenia elektronického bankovníctva. Elektronické bankovníctvo bolo v podstate spoločným ukazovateľom pre slovenské banky, ktoré prechádzali reštrukturalizáciou. Dobre si uvedomovali, že hoci sú slovenskí spotrebitelia v oblasti bánk veľmi konzervatívni, je potrebné prispôsobiť sa trendom a vychádzať im v ústrety. Obe najväčšie banky si s novým manažmentom začali uvedomovať, že pokiaľ sa neobrátia tvárou k zákazníkom a nebudú spĺňať ich očakávania a predstavy, zníži sa ich trhový podiel ešte viac. Ten totiž v čase reštrukturalizácie, kedy boli obe banky pod správou NBS, nestále klesal.