Riaditeľ pracoviska DR SR má na starosti útvar riaditeľa,
oddelenie výberu daní,
oddelenie daňovej kontroly,
oddelenie daňového exekučného konania,
oddelenie daňového práva a služieb,
oddelenie daňového konania,
oddelenie informatiky,
oddelenie všeobecnej správy.

Útvar riaditeľa zahŕňa: sekretariát, referát sťažností, referát zvláštnych úloh a referát štátneho dozoru.
Jednotlivé oddelenia, ktoré spadajú pod riaditeľa pracoviska DR SR budem charakterizovať. Opíšem ich úlohy na základe, ktorých funguje pracovisko DR SR.
Oddelenie výberu daní – zabezpečuje dodržiavanie pokynov pre finančné zúčtovanie štátneho rozpočtu s rozpočtami orgánov štátnej správy a samosprávy, vyhodnocuje inventúry podielových daní, vybavuje žiadosti a podnety o delegovaní miestnej príslušnosti daňových subjektov, vybavuje žiadosti daňových subjektov o úľavy, spracováva analýzy plnenia daňových príjmov, vypracováva rozpis rozpočtových príjmov na daňové úrady.
Oddelenie daňovej kontroly - usmerňuje a koordinuje činnosť DÚ v oblasti kontroly daňových subjektov a vykonáva metodické dohľady na DÚ, zabezpečuje konzultácie pre DÚ v oblasti nástrojov daňovej kontroly, spolupracuje s DR SR pri tvorbe a hodnotení strategických cieľov v daňovej kontrole, pri vypracovávaní dlhodobých plánov a zameraní ročných plánov, vypracováva podklady pre stanovenie zásad a zameranie kontrol daňových subjektov, spolupracuje pri analýzach rizík vratiek nadmerných odpočtov DPH, pripravuje podklady pre tvorbu pomôcok pre daňové kontroly a pripomienkuje odborné materiály, rozhoduje o výkone opakovanej kontroly, monitoruje výkon daňových kontrol na DÚ v pôsobnosti pracoviska DR SR a oznamuje zistenia závažného charakteru
Oddelenie daňového práva a služieb - zabezpečuje jednotné uplatňovanie daňových predpisov pri správe daní a vo vzťahu k daňovým subjektom, vykonáva prednášky pre DÚ a pracovisko DR SR, vykonáva metodické dohľady na DÚ, konzultácie pre DÚ, pracovisko a daňové subjekty, zabezpečuje pracovné porady, predkladá návrhy na zmenu daňových predpisov a zákona o účtovníctve na DR SR, spolupracuje pri pripomienkovaní návrhov na zmenu daňových predpisov a zákona o účtovníctve, rieši dopyty daňových subjektov a obcí, zabezpečuje poskytovanie informácií k daňovým predpisom a k zákonu o účtovníctve pre verejnosť.