V prípade nedostatku vlastných zdrojov si Fond môže vypožičať finančné prostriedky od NBS, príp. aj od iných bánk po súhlase NBS. Ďalší nezanedbateľný zdroj Fondu predstavujú úrokové výnosy z investícii do nákupu Štátnych cenných papierov. Orgány Fondu prijali stratégiu postupného napĺňania Fondu ochrany vkladov v maximálnej možnej miere, ako to umožňuje zákon. V súlade so stratégiou napĺňania Fondu finančnými zdrojmi stanovili na roky 19%, 1997a 1998 výšku ročného príspevku na 0,3% z priemerného stavu neanonymných vkladov. K napínaniu Fondu prispieva i realizácia jeho finančnej politiky, ktorá sleduje maximalizáciu zhodnotenia zdrojov na finančnom trhu v medziach, ktoré umožňuje zákon o ochrane vkladov.
Podiel vkladov podliehajúcich ochrane v zmysle zákona k celkovému objemu vkladov fyzických osôb bol k 31. 3. 1998 70,4 %, pričom podiel vkladov fyzických osôb na celkových vkladoch bánk predstavoval približne 62 %. Znamená to, že z celkového objemu vkladov v bankovom sektore je chránených asi 43 %. Podiel stavu vkladov fyzických osôb na celkových vkladoch sa v posledných rokoch stabilizoval na úrovni 57-60 % a k 31. 3. 1998 bol ich objem na úrovni 276, l mld. Sk, pričom vklady v bankovom sektore k tomuto termínu boli v
objeme 444,5 mld. Sk.

Postupný nárast podielu chránených vkladov na vkladoch fyzických osôb je priebežne zaznamenávaný od samého začiatku účinnosti zákona o ochrane vkladov. Kým v roku 1996 predstavoval asi 35 %-ný podiel, k 31. 3.1998 aj pod vplyvom ukončenia štátnej záruky za vklady v troch spomínaných bankách narástol podiel chránených vkladov na vkladoch fyzických osôb na 70 % (194,4 mld. Sk) a je predpoklad, že sa tento podiel v priebehu tohto a nasledujúceho roku ešte zvýši a stabilizuje na úrovni okolo 75-80 %.
Novelizácia zákona o ochrane vkladov predkladaná do NRSR v roku 2003 reaguje na kľúčovú požiadavku svetovej banky. Návrh zákona, ktorým sa mení a dopĺňa zákon Národnej rady Slovenskej republiky č. 118/1996 Z. z. ochrane vkladov v znení neskorších predpisov, bol vypracovaný a na rokovanie vlády Slovenskej republiky a jej legislatívnej rady sa predkladá na základe plánu legislatívnych úloh vlády Slovenskej republiky na rok 2003. Cieľom predloženého návrhu novely zákona o ochrane vkladov je predovšetkým zohľadnenie takých podnetov Svetovej banky z jej hodnotiacej správy k FSAP programu, ktoré sa týkajú činnosti, fungovania a finančnej stability Fondu ochrany vkladov a ktoré sú kompatibilné so smernicou o systémoch ochrany vkladov platnou v Európskej únii.