Jedným z dôkazov, že EÚ nie je federácia, je ponechanie suverenity na úrovni členských štátov. Prenesenie či združenie suverenity znamená v praxi delegovanie zmluvne vymedzených rozhodovacích právomocí na európske inštitúcie.

Existujú 3 hlavné rozhodovacie inštitúcie:

Európsky parlament 

- zastupuje občanov EU a taktiež je občanmi priamo volený. Pôsobil od začiatku 1979. Voľby sa konajú každých 5 rokov. Poslanci EP nesedia v národných blokoch podľa štátu, ale v 7- mich politických celoeurópskych skupinách. Sídlo EP Francúzko, Belgicko a Luxembursko. V súčasnosti má 785 členov zo všetkých 27 krajín EU. V januári 2007 bol zvolený za predsedu Hans- Gert Pőttering.

Rada EU

- stretáva sa na samite. Bola založená na základe zakladajúcich zmlúv. Plánované predsedníctvo SR v roku 2016-2017 máj - december (predtým rada ministrov), ktorá zastupuje jednotlivé členské štáty.

Každého zasadania Rady sa zúčastňuje jeden minister z každého členského štátu. To ktorý minister sa na zasadnutí zúčastní záleží od problematiky, ktorá je na programe rokovania. Existuje spolu 9 rôznych zložení Rady:

1, Všeobecné záležitostí a vonkajšie vzťahy
2, Hospodárske a finančné záležitostí( ECOFIN)
3, Spravodlivosť a vnútorné záležitostí (JHA)
4, Zamestnanosť , a sociálna politika, zdravotníctvo a spotrebiteľské záležitostí
5, Konkurencieschopnosť
6, doprava, telekomunikácie a energetika
7, Poľnohospodárstvo a rybné hospodárstvo
8, Životné prostredie
9, Vzdelávanie, mládež a kultúra. Každý minister je splnomocnený prijímať záväzky

Každý polrok predsedá iný spoloč. štát.

Rada má 6 hlavných povinností :

1. schvaľovanie europs. právnych predpisov- v mnohých oblastiach politiky spoločne s Európskym parlamentom
2. koordinovanie hlavných hospodárskych politík členských štátov,
3. uzatvárať medzinárodné dohody EU s inými krajinami alebo medzin. organizáciami
4. schvaľovanie rozpočtu EU spolu s E Parlamentom
5. Vypracúvať spoločnú zahraničnú a bezpečnostnú politiku EU na základe pokynu stanovených európskou radou
6. koordinovanie spolupráce medzi vnútroštátnymi súdmi a policajnými zložkami v trestných veciach

Euróspka komísia 

- zastupuje EU ako celok. Je nezávislá od národných vlád. Je aj výkonným orgánom EU - inak povedané je zodpovedná za implementáciu rozhodnutí Parlamentu a Rady. to znamená každodenné riadenie záležitostí EU: implementáciu jej politík, uskutočňovanie jej programov a čerpanie jej finančných prostriedkov. Rovnako ako parlament a Rada aj Eur. komisia bola založená v 50. rokoch minulého storočia na základe zakl. zmlúv. Nová komisia je menovaná každých 5 rokov do 6 mesiacov po voľbách do EP.

Funkčné obdobie súčasnej komisie trvá do 31. 10. 2009. Jej predsedom je José Manuel Barroso z Portugalska. Sídlo má v Bruseli (Belgicko), ale úrady má aj v Luxembursku, zastúpenia vo všetkých krajinách EU a delegácie v mnohých hlavných mestách celého sveta.

Kompetenciou je výkonný orgán (napr. vláda SR). Na čele je komisár v SR p. Figeľ, rieši vedu, výskum a vzdelávanie. Rieši sa jedná oblasť s potrebami celej EU.

EK má 4 hlavné úlohy:

1. predkladať návrhy právnych predpisov Parlamentu a Rade
2. riadiť a implementovať politiky a rozpočet EU
3. presadzovať európske právo
4. zastupovať EU ne medzinárodnej scéne

Ostatné inštitúcie

Súdny dvor

Jeho úlohou je zabezpečiť, aby právne predpisy EÚ vykladali a uplatňovali rovnakým spôsobom vo všetkých krajinách EÚ. Stará sa o to, aby národné súdy nevydávali rozdielne rozhodnutia týkajúce sa rovnakej záležitostí. Bol založený v roku 1952 na základe zmluvy ESUO. Sídli v Luxembursku. Súdny dvor sa skladá z jedného sudcu z každého členského štátu, takže sú v ňom zastúpené právne systémy všetkých 27 štátov EÚ. Zvyčajne zasadá ako "veľká komora“ zložená z 13 sudcov alebo v komorách zložených z 5 alebo 3 sudcov. Plní funkciu ústavného súdu. Jeho rozhodnutia sú priamo vykonateľné a neodvolateľné. Súdnemu dvoru pomáha 8 generálnych advokátov. Ich úlohou je predkladať odôvodnene stanoviská k prípadom predloženým Súdnemu dvoru. Svoju činnosť musia vykonávať verejne a nestranne.

Európsky dvor audítorov 

Úlohou dvora je kontrolovať, či sa finančné prostriedky EÚ, prichádzajúce od daňových poplatníkov, riadne zhromažďujú a vynakladajú podľa predpisov, hospodárne a na predpokladaný účel. Jeho cieľom je zabezpečiť, aby daňoví poplatníci svoje peniaze max. zhodnotili a má právomoc vykonať audit u ktorejkoľvek osoby alebo organizácie, ktorá prichádza do kontaktu s finančnými prostriedkami EU. Bol založený v roku 1975, sídli v Luxembursku. Dvor má jedného člena z každej krajiny EU, ktorého menuje Rada na obnoviteľné funkčné obdobie 6 rokov. Členovia spomedzi seba volia predsedu. V januári 2005 bol zvolený za predsedu Hubert Weber z Rakúska. Hlavnou úlohou je kontrolovať či sa plní rozpočet EU- inými slovami či sú prijmi a výdavky EU oprávnené a v súlade s predpismi a zabezpečiť riadne finančné hospodárenie.

Poradné orgány:

Európsky hospodársky a sociálny výbor: ( EHSV )

EHSV, bol založený v roku 1957 na základe Rímskej zmluvy, je poradným orgánom zastupujúcim zamestnávateľov, odborové zväzy, poľnohospodárov, spotrebiteľov a iné záujmové skupiny, ktoré spolu vytvárajú "organizovanú občiansku spoločnosť “. Predstavuje ich názory a bráni ich záujmy v politických diskusiách s Komisiou, Radou s EP.

EHSV má 344 členov - počet členov z jednotlivých krajín EU je približne pomerný k počtu ich obyvateľov.

Výbor regiónov:

Bol založený v roku 1994 na základe Zmluvy o EU, je poradným orgánom zloženým zo zástupcom európskych regionálnych a miestnych orgánov. S VR sa musí konzultovať pred prijatím rozhodnutí EZ o všetkých záležitostiach súvisiacich s reg. politikou, životným prostredím, vzdelávaním a dopravou, ktoré patria do pôsobnosti miestnych a regionálnych samospráv. Výbor ma 344 členov.

Členovia výboru sú politici zvolení na miestnej alebo regionálnej úrovni, ktorí stoja často na čele regionálnych samospráv alebo sú primátormi miest. Menujú ich vlády členských štátov EU, pracujú však politicky úplne nezávislé. Výbor regiónov si spomedzi svojich čelnov volí predsedu na obdobie 2 rokov. Michel Delebarre z Francúzka bol zvolený za predsedu vo februári 2006. Výbor dáva stanoviská aký majú dopad na regióny.

Finančné orgány:

Euróspska investičná banka

Jej úlohou je požičiavať peniaze na projekty europského záujmu (ako sú železnice, cestné prepojenia, letiská alebo environmentálne systémy), najmä v chudobnejších regiónoch, kandidátskych krajinách a v rozvoj. krajinách sveta. Poskytuje taktiež úvery na investície pre malé podniky. Poskytuje pôžičky pre rozvojové krajiny. Bola založená v roku 1958 Rímskou zmluvou. Dňa 1.januára 2000 sa stal prezidentom Philipe Maystadt z Belgicka. Je nezisková a z úspor alebo z bežných účtov nezískava žiadne peniaze. Nevyužíva ani finančné prostriedky z rozpočtu EU. Miesto toho je financovaná z vlastných výpožičiek na fin. trhoch, ako aj akciami banky - členskými štátmi EU. Tieto štáty spločne prispievajú na jej kapitál, pričom príspevok jednotlivých krajín odráža ich ekon. váhu v rámci únie. Podpora členských štátov zabezpečuje EIB na fin. trhoch najvyšší úverový rating AAA.

EIB je autonómna inštitúcia. Rozhodnutia o výpožičkách a poskytovaní úverov prijíma čisto na základe vhodných vlastností jednotlivých projektov a príležitostí, ktoré poskytujú finančné trhy. Každý rok predkladá správu o svojej činnosti.

Banka spolupracuje s inštitúciami EÚ. Jej zástupcovia sa napríklad môžu zúčastňovať na práci výborov Európskeho parlamentu a prezident EIB sa môže zúčastňovať zasadnutí Rady. Rozhodnutia banky prijímajú tieto orgány:

- Rada guvernérov sa skladá z ministrov (zvyčajne sú to ministri financií) zo všetkých členských štátov.Určuje všeobecnú úverovú politiku banky, schvaľuje bilanciu a výročnú správu, oprávňuje banku financovať projekty mimo EÚ a rozhoduje o navyšívaní kapitálu. 

- Rada riaditeľov schvaľuje operácie týkajúce sa výpožičiek a poskytovania úverov a zabezpečuje vhodné riadenie EIB. Skladá sa z 28 riaditeľov - každý členský štát vymenuje jedného a jedného menuje Európska komisia. 

- Riadiaci výbor je hlavným výkonným orgánom banky. Riadi každodennú činnosť EIB a má deväť členov.

Európsky investičný fond

Európsky investičný fond (EIF) bol založený v roku 1994 na pomoc malým podnikom.

Európska centrálna banka ECB

Jej úlohou je riadiť euro – jednotnú európsku menu. ECB je zodpovedná aj za vytváranie a implementáciu hospodárskej a menovej politiky.

Iné špecializované subjekty

Európsky ombudsman

Ombudsman pôsobí ako sprostredkovateľ medzi občanmi a orgánmi EÚ. Je oprávnený prijímať a prešetrovať sťažnosti občanov, podnikov a organizácií EÚ alebo kohokoľvek, kto má bydlisko alebo sídlo v krajine EÚ.

Európsky dozorný úradník pre ochranu údajov

EDPS má na starosti zabezpečiť, aby všetky inštitúcie a orgány EÚ pri spracúvaní osobných údajov ľudí dodržiavali ich právo na súkromie.

Medziinštitucionálne orgány

Úrad pre publikácie

Úplný názov tohto orgánu je Úrad pre vydávanie úradných publikácií Európskych spoločenstiev. Pôsobí ako vydavateľstvo pre inštitúcie EÚ, ktoré vydáva a distribuuje všetky úradné publikácie Európskej únie v papierovej alebo elektronickej forme.

Európsky úrad pre výber pracovníkov

Európsky úrad pre výber pracovníkov (EPSO) začal fungovať v januári 2003. Jeho úlohou je vytvoriť skúšky formou verejnej súťaže pre prijímanie pracovníkov do zamestnania vo všetkých inštitúciách EÚ. Je to účinnejšie, ako keby mala každá inštitúcia organizovať svoje vlastné výberové konania. Ročný rozpočet EPSO rovnajúci sa zhruba 21 miliónom eur je o 11 % nižší ako je suma, ktorú na výber pracovníkov vynaložili inštitúcie EÚ v minulosti.

Európska škola verejnej správy

Európska škola verejnej správy (EAS) bola založená 10. februára 2005. Jej úlohou je poskytovať odbornú prípravu zamestnancom Európskych inštitúcií v určitých špecifických oblastiach. Ponúkané kurzy sú prístupné pre zamestnancov všetkých Európskych inštitúcií, čo prispieva k rozširovaniu spoločných hodnôt, podporuje lepšie porozumenie medzi zamestnancami inštitúcií a vedie k úsporám z rozsahu. S cieľom vyhnúť sa duplicite, škola úzko spolupracuje s oddeleniami odbornej prípravy v rámci všetkých inštitúcií.