Výroba elektriny v štyroch prevádzkovaných blokoch jadrovej elektrárne v J.Bohuniciach a v jednom bloku v Mochovciach pokrývala v roku 1998 takmer 44 % celkovej spotreby Slovenskej republiky.
Vláda SR prijala v septembri 1999 uznesenie č.801/99, ktorým rozhodla ukončiť prevádzku najstarších dvoch blokov jadrovej elektrárne JE V1 J.Bohunice v rokoch 2006, resp.2008. Toto rozhodnutie je v súlade s dokumentmi Európskej komisie - Agendou 2000 a Partnerstvom pre vstup a upravil sa ním nerealistický termín odstavenia v roku 2000 z predchádzajúcej "energetickej koncepcie" prijatej 30.9.1997 uznesením vlády SR č.684/97. Doterajšie náklady na rekonštrukciu v tejto jadrovej elektrárni predstavujú objem 4,55 mld.Sk, celkové náklady (po schválenom rozšírení rozsahu prác) sú rozpočtované na 8,4 mld.Sk. Dokončenie modernizácie sa predpokladá v roku 2000.
Pre jadrovú elektráreň V-2 J.Bohunice majú Slovenské elektrárne a.s. pripravený na roky 2001 - 2008 program modernizácie a ďalšieho zvyšovania jadrovej bezpečnosti podľa požiadaviek Úradu jadrového dozoru SR a podľa posledných odporúčaní Medzinárodnej atómovej agentúry. Modernizácia zahrňuje zvýšenie výkonu blokov V2 a predĺženie projektovanej doby prevádzky. Rozpočtové náklady predstavujú objem takmer 8 mld.Sk.
V jadrovej elektrárni Mochovce je 1. blok v spoľahlivej prevádzke. Začiatkom r.2000 bude do prevádzky uvedený 2. blok. Do konca r.1998 bolo na 1. a 2. bloku preinvestovaných spolu 34,25 mld.Sk, oproti pôvodným nákladom, schváleným Vládou SR, je investičný náklad zvýšenný o vyše 5 mld.Sk. 5.1.3.2. Nové jadrové zdroje

Predpokladané skoré dokončenie 2. bloku v jadrovej elektrárni Mochovce opäť otvára diskusiu o dostavbe 3. a 4. bloku v tejto elektrárni. Na rozdiel od prvých dvoch blokov sú však podmienky pre dostavbu úplne odlišné:
 Rozostavanosť v stavebnej časti je len cca 55 % a v technologickej časti cca 30 %.  Financovanie dokončenia nie je možné zabezpečiť spôsobom ako pri blokoch 1 a 2, ale len v prípade predaja tejto stavby zahraničnému investorovi, predpokladané investičné náklady (vrátane úrokov počas výstavby) sa odhadujú na 51 mld.Sk.  Zahraničný majiteľ EMO 3,4 može sťažiť uplatnenie výroby elektriny z EMO 1,2 na trhu. O medzinárodnom tendri na odpredaj EMO 3,4 alebo o ukončení výstavby je potrebné rozhodnúť urýchlene, pretože:
 úroky z úverov na túto stavbu predstavujú značnú záťaž pre Slovenské elektrárne, a.s.