289/95 Zb o dani z pridanej hodnoty v znení neskorších predpisov a Colný zákon č. 618/92 Zb. Daňový režim MVO rieši Zákon č. 366/99 Zb. o daniach z príjmov. Organizácia je povinná podať daňové priznanie za uplynulý kalendárny rok do 31.3. na príslušnom daňovom úrade aj v prípade, ak nemá zdaniteľné príjmy.
Neziskové organizácie sú oslobodené od platenia daní z príjmu z aktivít súvisiacich s poslaním organizácie. Daň z príjmov plynúcich z aktivít nesúvisiacich s poslaním organizácie musia MVO platiť, ak ich príjem presiahne za zdaňovacie obdobie 300 000 Sk. Do základu dane sa zahrnú len príjmy nad uvedenú sumu. Organizácií sa týka taktiež platba dane z pridanej hodnoty, dovozného cla na nakupované tovary a služby a mzdové odvody, zdaňované sú úroky z vkladov na bankových účtoch.
Dary peňažnej a nepeňažnej povahy právnických a fyzických osôb určené na podporu verejnoprospešných účelov možno odpočítať zo základu dane. Pri právnických osobách musí byť hodnota daru minimálne 2 000 Sk, pričom v úhrne možno odpočítať najviac 2% zo základu dane. Odpočítať možno len dary poskytnuté na financovanie aktivít stanovených §20 zákona 366/99 Zb. Pri fyzických osobách je to 500 Sk. Maximálne možno odpočítať dar vo výške 10% zo základu dane. Ako dar na zdravotnícke účely sa hodnota jedného odberu krvi a iných biologických materiálov bezpríspevkového darcu oceňuje sumou 2 000 Sk.
S účinnosťou od 1.1.2000 schválila Národná rada SR zmeny v zákone o daniach z príjmov. Najdôležitejšiu zmenu, týkajúcu sa tretieho sektora, prináša §48, ktorý umožňuje použiť daňovníkovi 1% zo zaplatenej dane z príjmov na verejnoprospešný účel, a to v prospech ním určenej fyzickej alebo právnickej osoby. Tento predpis nadobúda účinnosť 1.1.2002.
Legislatívny rámec, týkajúci sa neziskového sektora na Slovensku, sa stal v priebehu posledných desiatich rokov predmetom viacerých zmien. V súčasnosti sa vedie širšia diskusia najmä o novom zákone o nadáciách, ako aj o novelizácii zákona o neziskových organizáciách. Návrhy nových právnych noriem, ktoré by mali upravovať existenciu nadácií, neinvestičných fondov a neziskových organizácií v budúcnosti, sú pripravené a prekonzultované s Ministerstvom spravodlivosti SR. Predpokladá sa, že čoskoro bude predložená aj novela zákona o občianskych združeniach, spracovaná Ministerstvom vnútra SR. MVO majú taktiež záujem, aby došlo k zmenám v prijatom tzv.