Ontologie
Descartův koncept světa (ve smyslu universa) je dualistický. Počítá se dvěma základními principy - myšlením a hmotou (rozlehlostí, rozprostraněností). Pro Descarta je přirozenější a přednější předpoklad myšlení, které chápe zcela neprostorově a netělesně, je to “vše co se v nás děje tak, že jsme si toho vědomi bezprostředně z nás samých.” Takovými procesy jsou rozumění (chápání), chtění a představovaní, které nazývá mody myšlení. Myšlení je jediná vlastnost, jež patří k lidské přirozenosti, veškeré další vlastnosti náleží tělesnému (lidské tělo je tak vlastně jen mechanismus, podobně jako zvířata).Ve své mysli ale také máme poznání některých schopností, které nemohou být pochopeny bez prostorové substance, které obsahují prostorovou složku - například schopnost měnit místo, brát na sebe různé podoby. Tedy z idejí těchto schopností v mysli a faktu, že Bůh neklame Descartes odvozuje existenci hmotných věcí. (musí existovat něco, čeho tyto ideje jsou reprezentacemi). V dalším výkladu v Meditacích Descartes silně antropomorfizuje a hovoří bez výraznějšího přechodu o odlišnosti těla a ducha. Pronikavou odlišností těla oproti duchu je jeho dělitelnost. Je zřejmé, že odnětím nohy nebo paže se odebere něco tělu, ale duchu takto odebrat nic nelze, tedy nelze jej dělit.

Charakteristickou vlastností pro těleso je rozprostraněnost, což demonstruje na příkladu s voskem. Můžeme měnit různým způsobem jeho kvality (zahříváním teplotu, objem i délku) aniž bychom ho přestali vnímat jako vosk, ovšem kromě kvality jediné - nelze vosk (čili voskové těleso) vnímat jako něco nerozlehlého. Myšlení i rozprostraněnost Descartes považuje za substance. Vyplývá to z toho, že své prvotní a základní vyhlášení “já jsem” chápe ve smyslu něco je. Substanci samotnou definuje jako “věc, která existuje tak, že ke své existenci nepotřebuje jiné věci.” Takovou je samozřejmě pouze Bůh, ale můžeme chápat myšlení a rozprostraněnost jako stvořené a vzniklé pouze přičiněním Boha a tedy jako nejobecnější principy. My samozřejmě poznáváme substanci jen podle jejích atributů.

Principy hmotných věcí
Rozprostraněnost je tedy přirozeností hmoty. Platí přitom, že velikost se od rozprostraněnosti substance nijak neliší. “Představíme-li si těleso o délce desíti stop, nemůžeme z této velikosti odebrat ani minimum, abychom současně neodebrali tolik i ze substance a naopak nemůžeme ubrat část ze substance, abychom právě tolik neubrali z velikosti a rozprostraněnosti,” říká Descartes. Rozprostraněnost je také přirozeností prostoru, a ještě zesiluje své tvrzení - přirozenost těles i prostoru je táž. Descartes odmítá existenci prázdna (vakuum) tj. takového bez substance. Nebytí (ne-substance) jako takové nemůže mít rozprostraněnost, jenže prostor nahlížený jako prázdný nějakou rozprostraněnost má, a tedy je v něm nutně i substance. Za prázdnotu běžně označujeme jenom takové místo, kde chybí nějaká z věcí, o kterých si myslíme, že by tam měly být. (například “prázdný” džbán na vodu naplněný vzduchem). Svět, tj. celek tělesné substance je nekonečný, nemá žádné hranice své rozprostraněnosti. Pokud nějaké hranice předpokládáme, vždy si za nimi představujeme další prostory (ohraničené i hranice jsou nemyslitelné bez ohraničujícího). Vesmír je, co se materiálu týče, homogenní. Ve vesmíru je jen jedna hmota a jejím charakteristickým rysem je rozprostraněnost. Tato hmota je ze své podstaty nekonečně dělitelná, pro Descarta neexistují žádné atomy, nejmenší a nedělitelné části hmoty.

Pohyb
Veškeré vlastnosti, které ve hmotě poznáváme, vyplývají z její dělitelnosti a z toho, že se její části pohybují. Pohyb je chápán jako “přemísťování jedné části hmoty nebo jednoho tělesa ze sousedství těles, jež se ho bezprostředně dotýkají a které chápeme, jakoby byly v klidu, do sousedství jiných těles.” Pohyb a klid nejsou principiálně odlišné, jsou to dva rozdílné stavy pohybovaného tělesa.

Jak již bylo uvedeno, Descartes odmítá existenci prázdného prostoru, a protože jsou všechna místa vyplněna tělesy, mohou se tělesa pohybovat pouze v kruhu. Pohybující se těleso vytlačuje jiná, ta další až nakonec “poslední” těleso kruh uzavírá a zaujímá místo prvního tělesa. Primární příčinou pohybu je Bůh, ten na počátku stvořil hmotu i s jejím pohybem a klidem. Nyní Bůh zachovává svým obvyklým působením počáteční míru pohybu a klidu, kvantita pohybu se tedy nemění, a zůstává v celém světě konstantní. Descartes zde vlastně předjímá zákony zachování, i když z pouhého pohybu (a ne hybnosti, energie) jen těžko vysvětluje některé jevy.

Sekundárními příčinami rozmanitých pohybů jsou přírodní zákony.
Z Descartova odmítnutí představy prázdného prostoru plyne, že na počátku částice nemohly mít kulový tvar. Koule by totiž nemohly vytvořit spojitý prostor. Částice byly do pohybu uvedeny zřejmě velikou silou, která stačila na to, aby se jedny oddělily od druhých, a dále aby se i obrousily hrany těles. Tímto způsobem vznikla kulatá tělesa, obrušování hran vysvětluje také proč právě kulatá. Hrana je totiž vše co z takového tělesa vyčnívá. Tedy pohyb těles je příčinou jejich kulového tvaru.

Descartes se mimo jiné zabýval i psychologií a etikou a celkově jeho dílo mělo mimořádně významný dějinný vliv. Je považován za otce moderní filozofie a má jak mnoho stoupenců a pokračovatelů, tak odpůrců a kritiků.