Lockovým najznámejším dielom z oblasti politickej filozofie sú Dve pojednania o vláde, ktoré prvý krát vyšli v roku 1690. Locke v tej dobre prišiel s revolučnými myšlienkami o slobode človeka v spoločnosti a jeho zodpovednosti a funkcii.

Druhé pojednanie o vláde je výkladom Lockových názorov na človeka, spoločnosť a štát. Predmetom štúdia tu nie je biblický text, ale o jednotlivcovi a občianskej spoločnosti.
John Locke vychádza z vymedzenia prirodzeného stavu, charakterizuje zmluvu v spoločnosti o usporiadaní vzťahov z nej vytvárajúcu spoločnosť a dospieva k úvahám o najlepšom usporiadaní politických vzťahov.

Práca má 19 kapitol:
I. kapitola – O politickej moci
Je zhrnutím Prvého pojednania o vláde.

II. kapitola – O stave prirodzenom
Prirodzený stav je podľa Locka stav dokonalej slobody jednotlivca riadiť svoje konanie a nakladať so svojim majetkom. Je to stav všeobecnej rovnosti, v ktorom akákoľvek moc a práva sú vzájomné. Práve táto rovnosť tvorí základ záväzku jednotlivcov ku vzájomnej láske.

„Prirodzený stav je síce stavom slobody, ale nie je stavom ľubovôle. Hoci človek v tomto stave má nekontrolovateľnú slobodu voľne nakladať so svojou osobou alebo svojim majetkom, predsa nemá slobodu zahubiť seba samého.“

III. kapitola – O stave vojnovom
„Ak ktokoľvek slovom alebo činom prejaví, nie vášnivý, ale kľudný a uvážený zámer proti životu druhého človeka, privádza sa do vojnového stavu s tým, proti komu takýto úmysel prejavil. Takto vydáva svoj život moci druhého, lebo je rozumné a spravodlivé, aby som mal právo zabiť to, čo ma ohrozuje záhubou.“

Vyvarovaním sa vojnového stavu je možné vstúpením do spoločnosti a vzdaním sa prirodzeného stavu. Pretože keď je na zemi autorita, moc, ku ktorej sa je možné dovolať, tam je ďalšie trvanie vojnového stavu vylúčené a spor je touto mocou rozhodnutý.

IV. kapitola – O otroctve
Locke rozlišuje dva druhy slobody:
1. prirodzenú, ktorá spočíva v tom, že človek je slobodný od akejkoľvek vyššej moci na zemi, že nie je pod vôľou alebo zákonodarnou autoritou človeka, ale že jeho pravidlom je len prirodzený zákon
2. slobodu človeka v spoločnosti, ktorá spočíva v tom, že človek nie je pod žiadnou inou zákonodarnou mocou ako tou, ktorá bola zriadená dohodou v štáte

Preto jedinou možnou formou otroctva, ktorú Locke akceptuje, je prípad, keď sa človek pre nejaký čin, za ktorý si zasluhuje smrť, dostane do moci druhého a ten jeho usmrtenie odloží a užíva ho ku svojej vlastnej službe. Ak však otrok cíti, že tvrdosť, s akou s ním pán zaobchádza, prevažuje hodnotu jeho života, môže sa vzoprieť moci svojho pána a sám sa usmrtiť.

V. kapitola – O vlastníctve
Boh dal svet ľuďom, aby ho spoločne užívali. Zem a všetko, čo je na nej, bolo dané ľuďom spoločne na udržiavanie a pohodlie ich existencie. Ak však človek vyberie niečo z prírodného stavu a primieša k tomu svoju prácu (niečo, čo je jeho vlastné), stáva sa to jeho vlastníctvom. Tým, že k tomu pripojil vlastnú prácu, vylučuje spoločné právo iných ľudí na túto vec. („Hoci voda tečúca v prameni patrí každému, nikto nemôže pochybovať, že voda v džbáne patrí tomu, kto ju nabral.“)

VI. kapitola – O moci otcovskej
V tejto kapitole Locke oponuje zástancom absolutistickej vlády, ktorí chceli moc monarchu odvodzovať od tzv. otcovskej moci. Tvrdí, že otcovská moc by sa mala správnejšie nazývať „mocou rodičovskou“ a argumentuje to citáciou výrokov zo Starého a Nového zákona (napr. „Cti otca svojho i matku svoju.“), pričom zdôrazňuje dôležitú funkciu matky pri výchove detí.
Za rodičovskú moc považuje len povinnosť rodičov starať sa o svoje potomstvo „za nedokonalého stavu detstva.“

VII. kapitola – O politickej, čiže občianskej spoločnosti
Keď Boh stvoril človeka, vybavil ho takými vlastnosťami a pudmi, aby ho nútili žiť v spoločnosti a takisto ho vybavil rozumom a rečou, aby v nej zotrval a tešil sa z nej. Prvou spoločnosťou bola spoločnosť medzi mužom a ženou, ktorá dala počiatok spoločnosti medzi rodičmi a deťmi, ku ktorej bola časom pripojená spoločnosť medzi pánom a sluhom.