Aristoteles čoskoro zhromaždil veľkú knižnicu; zozbieral ústavy všetkých vtedy známych štátov za účelom porovnania, bolo ich celkom 158. Založil aj zbierku rastlín a zvierat z celého vtedy známeho sveta. Alexander údajne svojim záhradníkom, lovcom a rybárom prikázal, aby Aristotelovi zaslali vzorky všetkých vyskytujúcich sa druhov rastlín a živočíchov. Táto významná výskumná činnosť trvala dvanásť rokov. Ku koncu dvanásteho roka vedenia svojej školy sa ocitol v politických ťažkostiach, pretože sa jednak pokazil jeho vzťah k Alexandrovi, jednak na neho ako na Alexandrovho priateľa a zástancu macedónskej politiky, ktorá Atény pripravila o slobodu, silne pôsobila nevraživosť jeho spoluobčanov. Po náhlej Alexandrovej smrti bol Aristoteles, taktiež ako Sokrates obžalovaný z bezbožnosti. Hroziacemu rozsudku smrti sa vyhol útekom, aby ako povedal: „neposkytol Aténčanom druhýkrát príležitosť prehrešiť sa proti filozofii“. Utiekol do Chalkydy, na ostrove Euboia, na majetok svojej matky. Onedlho začal trpieť na žalúdočné ťažkosti. Zomrel osamotený po niekoľkých mesiacoch / 322 pred Kr./ vo veku šesťdesiatšesť rokov. Aristoteles bol encyklopedista, a najväčší mysliteľ staroveku, ktorý zanechal po sebe stovky spisov. Z odborných spisov sa zachovala len časť, avšak tak rozsiahla a mnohostranná, že podáva predstavu o šírke a veľkosti celého jeho diela. Jadro jeho učenia nájdeme v jeho metafyzike. Chcel v nej preskúmať všetko existujúce. Konštatuje, že iba to, čo je jednotlivé je skutočné. Lenže túto jednotlivosť nemožno použiť na získanie skutočného poznania. Na to je potrebné to, čo je nemenné. Toto nemenné Aristoteles videl vo formách. Jeho spisy sú bez nadsadenia encyklopédiami vtedajších vedomostí. Skúmal anatómiu zvierat, pohyb hviezd, ľudské správanie, literatúru, ale aj štátne zriadenie rôznych krajín. Je považovaný za zakladateľa logiky a celej rady vedeckých disciplín. Filozofiu rozdelil do troch kategórií - teoretickú, praktickú a poetickú. Ako prvý vyčlenil z filozofie rôzne vedecké disciplíny a vytvoril z nich samostatné obory. Položil základy logiky, fyziky, biológie, psychológie a ďalších vied. Vo svojich prírodovedných spisoch hovorí o. i. o oblohe, o vzniku a zániku, o meteorológii, o živých organizmoch. Vzťah medzi telom a dušou vidí takto: telo je látka, duša je forma; duša teda pohybuje telom a formuje ho. Duch je však čistá nehmotná energia a je nesmrteľný. Vo svojej etike hovorí, že najväčším bohatstvom človeka je blaženosť.