Podľa neho má poznávanie i svoju mravnú stránku. Otázkami morálky sa Komenský zaoberal v rôznych spisoch, v rozličných súvislostiach, v nemalej miere práve v súvislostiach didaktických. Otázky morálky sú v jeho učení najviac ovplyvnené jeho náboženským svetonázorom. Komenský zdôrazňoval, že človek má nielen vedieť hľadať pravdu, ale vedieť aj slobodne konať, a to tak, aby sa voči iným nedopúšťal ničoho nečestného. Mravná výchova súvisela s výchovou rozumovou, ako to výrazne dokumentuje napríklad jeho výrok: „Ako myseľ (čiže rozum) hľadá pravdu, tak vôľa hľadá dobro.. Lebo hoci je vôľa paňou svojich skutkov, predsa prv, než určí, čo treba robiť, vypočuje svojho domáceho radcu, rozum, že súdnosť, ktorý jej napred ukáže, čo je dobré alebo zlé, čo lepšie alebo horšie.“
Najväčšiu pozornosť venoval Komenský deťom a mládeži. Osobitnú pozornosť venoval Komenský otázkam disciplíny, čím prejavil pokrokový vplyv renesančnej pedagogiky, ktorá sa usilovala o aktívneho činorodého človeka. Komenský radil, aby sa okrem múdrosti umiernenosti a spravodlivosti rozvíjala i statočnosť, ktorú pokladal za jednu z najhlavnejších cností. Statočnosť sa rozvíja v poctivej a starostlivej práci, v boji s lenivosťou a nedisciplinovanosťou, v cvičení sebaovládania.
Komenský svojimi pedagogickými názormi ďaleko predbehol svoju dobu. A tak jeho rodná krajina čerpá podnetné myšlienky z jeho rozsiahleho pedagogického odkazu a z rozličných diel.
Stále cenným a aktuálnym prínosom pre rozvoj súčasnej pedagogickej vedy sú mnohé Komenského didaktické metódy a zásady. Jeho projekt jednotnej sústavy škôl od najnižších až po vysoké a požiadavka uplatňovať zásady širokého všeobecného vzdelania pre každého človeka sa stali spolu s moderným uplatnením jeho idey celoživotného vzdelávania jednou z opôr projektu jednotnej výchovno – vzdelávacej sústavy a jeho postupnej realizácie.
Ak uvážime, že Komenský vyslovil požiadavku povinnej školskej dochádzky v dobe, keď bolo školstvo stavovsky rozdelené a výchova a vzdelávanie triedne diferencované, v dôsledku čoho sa väčšine detí vôbec nedostávalo nijakého vzdelania, potom miera pokrokovosti jeho názorov a požiadaviek tým výraznejšie vystupuje do popredia. „Nielen deti bohatých a popredných ľudí, ale rovnako všetky, bohaté i chudobné, urodzené i neurodzené, chlapci i dievčatá vo všetkých mestách, mestečkách, dedinách a dvoroch sa majú prijímať do škôl...“. Komenský navrhol jednotnú sústavu školstva, prístupnú každému podľa jeho schopností.
Príkladom je aj Komenského vlastenectvo.