Univerzitu v Košiciach založil biskup Benedikt Kisdy, mala dve fakulty. Bola to kalvínska vysoká škola, ktorá organizačne súvisela s Kolégiom v Blatnom Potoku. Po zrušení jezuitského rádu bola premenovaná na Kráľovskú académiu.
Na protestantských a čiastočne aj rímsko-katolíckych školách sa začali uplatňovať niektoré reformy obsahu, organizácie, foriem a metód vyučovania podľa J.A.Komenského, vcelku si však naďalej zachovávalo cirkevný, latinský a scholastický charakter.
V 17. storočí sa aj evanjelici snažili založiť vysokú školu v snahe čeliť jezuitským univerzitám. Bolo založené Prešovské kolégium. Vyučovanie sa tu začalo v roku 1667 aj záslukov dvoch profesorov Izáka Cabana a Eliáša Ladivera – žiak Komenského. Nebola to univerzita, ale niektorými organizačnými formami vyučovania sa dalo Kolégium porovnávať s univerzitami.
Vznik absolutistického rakúsko-uhorského štátu viedol v 18.storočí k prvej všeobecnej reforme škôl z iniciatívy štátu, pri ktorej boli podľa® Ratio educationis (1777) zreformované všetky stupne škôl.Tento zákon utvoril relatívne jednotnú školskú sústavu. Osvietenecká pedagogika pokladala výchovu za všemocnú a hlásala, že prameňom mravnej a hmotnej biedy nižších spoločenských vrstiev je nevzdelanosť. Podľa tohto všeobecne platného poriadku sa zriadili tri stupne elementárnych škôl:
Triviálne – jednotriedne alebo dvojtriedne školy pre deti dedinskej a mestskej chudoby. Obsahom vyučovania bolo náboženstvo, čítanie, písanie, počítanie a základy poľnohospodárstva.
Hlavná škola – bola trojtriedna alebo štvortriedna pre každý kraj Jej úlohou bolo pripraviť žiakov na ďaľšie štúdium.
Normálne školy – boli zriaďované v krajských mestách.
Latinské školy delilo RATIO na tri stupne: gramatický, humanistický a filozofický. Miesto dvoch jezuitských univerzít ostali na Slovensku akadémie (Bratislava a Košice), ktoré podobne ako lýceá poskytovali základy vyššieho filozofického, teologického a právnického štúdia.
V tereziánskom období vznikli aj vyššie odborné školy pre prípravu odborníkov pre nové hospodárske odvetvia a štátnu administratívu – Banská a lesnícka akadémia v Banskej Štiavnici a Collegium oeconomicum v Senci, nižšie banské a lesnícke školy. Štát síce začal zasahovať do pomerov v školstve, ale cirkev si svoj monopol v tejto oblasti bránila a v prvej polovici 19.storočia zmarila realizáciu väčšej časti tereziánskych reforiem. Aj evanielická cirkev si zachovávala systém svojho školstva.
V reformácii školstva pokračoval Jozef II.