V Elbingu (1642-1648) vypracoval systém jazykovo-vecných učebníc pre latinskú strednú školu, viazaných na Najnovšiu metódu jazykov.Vtedy začal písať aj najväčšie svoje dielo , Všeobecnú poradu o náprave ľudských vecí. za druhého pobytu v Lešne (1648-1654) prežíval Komenský veľmy tažké krízy po strate manželky aj zo straty viery na okamžitý navrat do vlasti koncom 30.ročnej vojny. z nádejamy v politickú pomoc Rákócziovcov pre vlasť spája Komenský prácu pre reformu manželky aj zo straty viery na okamžitý návrat do vlasti koncom tridsaťročnej vojny. S nádejmi v politickú pomoc Rákóciovcov pre vlasť spája Komenský prácu pre reformu maďarskej latinskej školy (pobyt v Blatnom Potoku v rokoch 1650-1654). Najmä prehlbuje v Pansofickej škole metódu univerzálneho vzdelávania a rozvíja poňatie vzťahov všetkých činiteľov výchovovzdelávecieho procesu, aby ukázal nutnosť i možnosti čo najvšestrannejšieho zdokonalovania mládeže. Poňatie názornosti uplatňuje v najúspešnejšej učebnici Orbis pictus. Premýšľa aj o podmienkach rastu vzdelaného národa atď. Tretí pobyt Komenského v Lešne (1654-1656) znamenal zintenzívnenie mnohostranej aktivity Komenského najmä práce politickej a na Všeobecnej porade. Vtedy utrpel aj ťažkú ranu, keď stratil druhý domov při požiari Lešna za švédsko- poľskej vojny, aj cenné rukopisy. Posledným útočišťom sa stalo Komenskemu Holandsko , kde v Amsterdame pod ochranov Vanrinca de Geera pokračoval vo svojej činnosti. Vrcholný filozoficko-pedagogický a sociálne založený projekt Všeobecnej porady znovu vypravováva Komenský v Holansku (1656-1670) ,kde vydáva
aj svoje základné pansoficko (celosvetové)-pedagogické práce Opera didactica omnia a ďalšie spisy. Svojimi prácami prerástol Komenský svoju epochu. Vyslovil rad princípov, ktoré vo svojej všeobecnosti sú cennými podnetmi pre formovanie všetkých ľudí, pre medzinárodnú spoluprácu. Preto je dielo J. A. Komenského nadčasové a uznávané na celom svete.