Nevýhody dištančného vzdelávania z pohľadu vzdelávacej inštitúcie:

náročná tvorba (financie, čas) výučbových kurzov a študijných materiálov na samoštúdium, potrebné sú oveľa väčšie tímy rôznych odborníkov pri príprave kurzov oproti klasickej prezenčnej forme štúdia,
nutné školenia na dištančné vzdelávanie pre celý tím tvorcov a lektorov,
nutnosť koordinácie a zabezpečenia dobrej spolupráce heterogénneho tímu odborníkov, ktorí realizujú kurz a sú často fyzicky vzdialení,
veľká závislosť od počítačových technológií a ich bezporuchovej prevádzky. Dištančné vzdelávanie si na Slovensku zatiaľ len hľadá svoje miesto, zo zahraničných skúseností však môžeme usudzovať, že nebude trvať dlho a on-line kurzy si získajú množstvo priaznivcov. Je to jeden z dôsledkov globalizácie spoločnosti, na druhej strane zároveň podporuje regionálny rozvoj a decentralizáciu, pretože ľudia sa už nemusia „sťahovať za vzdelaním“.