Podstatu špeciálnej pedagogiky tvorí interakcia medzi špeciálnopedagogickými javmi a procesmi. Vedecké poznatky špeciálnopedagogických javov a procesov sa získavajú prostredníctvom vedeckých metód, ktoré umožňujú preniknúť od vonkajších prejavov k podstate. Pramene získavania poznatkov pre tento odbor sú: archívne materiály, zachovalé právne a pedagogické normy, údaje zachovalých knižničných a časopiseckých diel, výročných správ a kroník špeciálnych škôl a zariadení, obrázkový a iný materiál, učebné pomôcky, kompenzačná technika, výpovede žijúcich pamätníkov a iné zdroje. V súčasnosti je už viacero historických materiálov, dokumentácie a údajov sústredených v Múzeu špeciálneho školstva na Slovensku v Levoči, ktoré bolo otvorené v roku 1990. Na Pedagogickej fakulte UK v Bratislave je špeciálnopedagogická knižnica. Spoločnosť pre špeciálnu a liečebnú výchovu na Slovensku, ktorá zastrešuje všetkých špeciálnych pedagógov v minulosti vydávala časopis Otázky defektológie a toho času vydáva časopis Efeta.

Špeciálna pedagogika vzhľadom na svoj predmet patrí v najširšom svojom význame do sústavy vied o človeku. V užšom význame do systému pedagogických vied. V rámci týchto tvorí relatívne samostatný vedný odbor /vednú oblasť/ pozostávajúci so širšie, všeobecnejšie koncipovanej špeciálnej pedagogiky a užšie zameraných jej jednotlivých špecializácií - odborov. Špec. pedagogika pri plnení svojho poslania kooperuje s celým radom súvzťažných vied, kt. poznatky využíva pri formulovaní svojich cieľov, a to pri opisovaní ľudského jedinca, u ktorého sa majú dosiahnuť určité ciele. Tieto vedy sa označujú ako pomocné. K nim patrí: etika, logika, estetika, patopsychológia, patobiológia, sociálna patológia, psycholingvistika, bionika, teória informácie, semiotika.

Etika - zaoberá sa skúmaním morálky. Špec. pg. pomáha pri formulovaní výchovných cieľov z etického hľadiska, vzhľadom na osobitosti, ktoré vyplývajú z postihnutia alebo narušenia. Dobre uskutočňovanou výchovou možno u postih. detí a mládeže dosiahnuť, aby pomocou autoregulácie vedeli ovládať svoje sociálne správanie a usmerňovať ho tak, aby to zodpovedalo požiadavkám mravného správania sa.

Logika - veda o pravidlách a spôsoboch správneho myslenia a poznávania poskytuje poznatky na formulovanie cieľov výchovy mysliaceho človeka. Navrhuje, ako by tieto procesy mali prebiehať, naznačuje, v ktorých oblastiach sa môžu vyskytnúť v dôsledku postihnutia prekážky pri realizácií poznávacích procesov. Pomáha vytvárať teoretické konštrukty o tom, aký by mal byť postih. jedinec po špec.-pedagogickej vých. intervencií.

Estetika - veda o kráse. Pomáha z formálneho i obsahového aspektu pri formulovaní výchovných cieľov zameraných na rozvoj estetických citov a potrieb. V citovej výchove sú poznatky z estetiky veľmi dôležité. Pre postihnutých má veľký význam.

Patopsychológia - u postihnutých skúma osobitosti utvárania a vývinu psychických procesov, vlastností a stavov, utváranie ich osobnosti. Poskytuje poznatky o postihnutom jedincovi z psychologického aspektu.

Patobiológia - zaoberá sa anatomickými, fyziologickými a morfologickými osobitosťami, etiológiou, priebehom a prognózou chorobných zmien. Z týchto hľadísk opisuje jedinca.

Sociálna patológia postihnutých - zaoberá sa skúmaním negatívnych javov v spoločnosti a ich dôsledkom pre postihnutých. Negatívne javy sa prejavujú deviantným správaním sa takýchto jedincov. Je to také správanie, ktoré sa odchyľuje od spoločenských, mravných a právnych noriem.