Kontrola verejných financií je zabezpečovaná v dvoch stupňoch tak, ako na to poukazuje schéma:

1.vnútorná kontrola
2.vonkajšia kontrola

Systém kontroly v SR, viď. schému v prílohe

1. Vnútorná kontrola

Cieľmi vnútornej kontroly sú:

- spoľahlivosť a integrita informácií,
- súlad s právnymi normami, smernicami, uzneseniami a pod.,
- zabezpečenie prínosu pre organizáciu (dosahovanie príjmov, rast aktivít),
- efektívne a hospodárne využívanie zdrojov,
- splnenie stanovených cieľov operácií a programov.

Vnútorná kontrola z hľadiska jej úloh ako aj z hľadiska uplatnenia základných funkcií kontroly (informačná, výchovná, represívna) má relatívne stále zameranie.

Základnými úlohami v rámci vnútornej kontroly sú najmä:

- kontrola plnenia verejnej správy,
- kontrola hospodárenia s majetkom a verejnými financiami.

V rámci vnútornej kontroly rozoznávame:

- vnútornú kontrolu v štátnej správe,
- vnútornú kontrolu vo verejnoprávnych inštitúciách,
- vnútornú kontrolu v Územnej samospráve.

Vnútorná kontrola v štátnej správe

Vnútorná kontrola predstavuje systém, v rámci ktorého orgán kontroly vykonáva kontrolu voči podriadenému orgánu ako súčasť plnenia svojich úloh v príslušnom odvetví štátnej správy. Vnútorná kontrola sa vykonáva na všetkých stupňoch riadenia. Kontrolnú činnosť vykonáva vedúci kontrolného orgánu, vedúci zamestnanci kontrolných orgánov a kontrolné útvary, ktoré sú priamo podriadené vedúcemu kontrolného orgánu.

Orgán kontroly v rozsahu svojej pôsobnosti kontroluje najmä:

- plnenie úloh štátnej správy,
- hospodárenie s prostriedkami štátneho rozpočtu,
- vybavovanie petícii, sťažnosti, oznámení a podnetov,
- dodržiavanie všeobecne záväzných právnych predpisov,
- plnenie opatrení na nápravu zistených nedostatkov.

Vedúci kontrolovaného subjektu je v stanovenom termíne povinný na základe kontroly:

- prijať opatrenia na odstránenie zistených nedostatkov,
- predložiť orgánu kontroly správu o splnení prijatých opatrení,
- uplatniť právnu zodpovednosť za zistené nedostatky voči zamestnancom zodpovedným za tieto nedostatky.

Zákon o kontrole v štátnej správe neupravuje postup orgánu kontroly ani vyvodenie zodpovednosti a uloženie sankcie vedúcemu kontrolovaného subjektu v prípade, že uvedené povinnosti nesplní.