Behom štvorročného pobytu napísal aj niekoľko ďalších pedagogických spisov a politických traktátov ("Methodus linguarum novissima" - Najnovšia metóda jazykov, " Orbis sensualium pictus" - Svet v obrazoch, "Schola ludus"- Škola hrou; "Gentis felicitas" - Šťastie národa, "Sermo secretus Nathanis ad Davidem" - Tajná reč Nátana k Dávidovi).
Po vypálení Lešna v apríli 1656, pri ktorom znovu stratil celou knižnicu, väčšinu svojich rukopisov (vrátane veľkého slovníka českého jazyka a rukopisu "De rerum humanarum emendatione consultatio catholica" - Obecné porady o náprave vecí ľudských) a svojho majetku, sa uchýlil v Amsterdame.
Tu vyvrcholila jeho vedecká a literárna činnosť. Vydal 62 spisov. Najvýznamnejším výsledkom týchto plodných rokov je sedemdielná "Obecná porada o náprave vecí ľudských", zaoberajúcich sa koncepciami reformy ľudskej spoločnosti. Vydával texty proroctiev Krištofa Kottera, Mikuláša Drabíka a Kristíny Poniatowské ("Lux in tenebris" Svetlo v temnotách, "Lux e tenebris" - Svetlo z temnôt), ktorých účel bol nielen náboženský, ale hlavne politický a psychologický. Tato časť komeniologického bádania nie je zďaleka uzavretá. Obsahom svojho životného diela sa právom zaradzuje medzi najväčšie postavy českých dejín.
Zomrel v Amsterdame, je pochovaný v Naardene v Nizozemi.