A aj keď nemôže dokázať pravdy zjavenia, môže ukázať, že zjavne neodporuje rozumu. Potom aj vo všetkých oblastiach, kde sa teológia a filozofia stýkajú, je filozof povinný, keď sa to ukáže ako nutné, opraviť svoje závery v súlade s najvyššou a najspoľahlivejšou pravdou viery. Ide teda o scholastickú axiómu, že nič nemôže byť pravdivé vo filozofii, čo je nepravdivé v teológii.

Novotomistické učenie, podraďujúc sa takmer nekompromisne cirkvi, svoju základnú úlohu určuje vo vzťahu k metafyzike jednoznačne – poslednou a najvyššou úlohou metafyziky je dosiahnuť prostredníctvom poznania a stanoví absolútne bytie boha. filozofia podľa Maritaina len napodobňuje či odráža vo svojom zrkadle to, čomu učí teológia. Vzťah filozofie však v novotomistickom učení je predovšetkým viazaný na prirodzenú teológiu, kým ku zjavenej teológii je to už komplikovanejšie. tá je totiž výlučne doménou zjavenia – a tu základná inšpirácia je biblického pôvodu. Podľa novotomistov sú dve cesty k pravde. Jedna je cestou viery, druhá vedenia. Obidve však sledujú jeden a ten istý cieľ – filozofia a teológia ukazujú dva smery; povznášajúce sa k bohu a prichádzajúce od boha. Je zrejmé, že cesta teológie je cestou od nadprirodzeného zjavenia k stvoreným veciam, kým cesta filozofie je cestou opačnou. Filozofia podľa Maritaina len napodobuje alebo odráža vo svojom zrkadle to, čomu nás učí teológia.

Ústredné problémy novotomistickej filozofie vo sfére metafyziky ako učenia o bytí sú identifikované ako vzťah Boha a sveta. Vychádza sa tu z rozlíšenia bytia samého o sebe a existencie, t.j. toho, čo je. Tým sa znovu oživuje pôvodne platónsky motív bytia vyššieho – absolútneho, božského a bytia nižšieho – prirodzeného a stvoreného. Tým vznikajú v novotomizme dualisticky vrstvené ontológie – ontológia nestvoreného bytia a ontológia bytia stvoreného. Prvé bytie je boh, ktorý je zároveň pôvodcom (tvorcom) druhého bytia. Potom sa tu objavuje veľmi často fundamentálny aristotelovský motív – motív podstaty a existencie. Boh ako najvyššia podstata tvorí podľa novotomistov svet, no tento stvorený vesmír nie je s ním identický, ale zásadne ontologicky odlišný. Francúzsky novotomista C. Tresmontant preto píše, že vesmír je radikálne, ontologicky odlišný od Absolútna. Potom aj odpoveď na otázku, čo je to byť, znamená hľadať odpoveď v stvoriteľskom akte Boha, od ktorého bytie dostávame. V určitom zmysle to znamená byť v Bohu. Boh je nielen základom bytia sveta, ale aj jeho jednoty. Rakúsky novotomsista E.