Coreth v jednej súvislosti napísal, že jednota všetkého spočíva v tom, že všetko je, že existuje, je dané v bytí a vďaka bytiu. Bytie vo vlastnom zmysle a prvotne je duch. Bytie vo vlastnom zmysle slova je pre novotomistov primárne duchom, a práve tento duch, transcendentná duchovnosť vôbec tvorí jednotu sveta.

Z uvedeného zrejme vyplýva prísne ontologicky dualistické rozlišovacie prirodzeného a nadprirodzeného. filozofiu evidentne vzťahujú k prirodzenému poriadku, zatiaľ čo viera patrí k nadprirodzenej realite, ktorú považujú za intímny život boha. Je to už tá sféra, kde filozofia stráca akékoľvek možné kompetencie, pretože ide o pravdy prekračujúce silu ľudského rozumu. Božské – nadprirodzené pravdy môžu byť už len predmetom viery. Samotnou svojou podstatou sa pre filozofiu či vôbec vedu nachádzajú mimo priestoru dosiahnuteľnosti. Gilsom k tomu dodáva, že tomistická doktrína božskej nepoznateľnosti zakazuje predstavovať si Boha nielen ako nejaký predmet, ale vôbec akýmkoľvek spôsobom. Z toho však nevyplýva nejaký teistický agnosticizmus. Skôr naopak, jednou z hlavných úloh filozofie je hľadať dôkaz existencie Boha, ale aký Boh je, to už filozofia riešiť nemôže a ani nemá.

Novotomisti sú presvedčení, že pre Boha ako absolútno nemôžeme získať priamy a adekvátny pojem, vždy môže ísť len o pojem založený na analógii s prirodzeným bytím. A ako píše Coreth, Boh zostáva tajomstvom. Postihujeme ho vždy len keď vychádzame z konečného súcna, preto je pochopiteľné, že ho zachytávame v konečných pojmoch. Boha nezachytávame nikdy v absolútne adekvátnej podobe, ale vždy len v analogickom poznaní. Keďže rozum nepreniká do tajomstiev absolútna, jeho možné dôkazy majú potom len metodickopomocný charakter, ktorý súvisí so schopnosťou poznávať bohom stvorené bytie, a tak nachádzať stopy jeho stvoriteľskej existencie.

Najvýznamnejšia stopa v tejto súvislosti sa viaže evidentne k človeku. Človek je totiž konečný duch v materiálnom. Je vlastne jediným nositeľom duchovna na tomto stvorenom svete. Novotomisti proklamujú substanciálnu jednotu oduševnelého tela alebo stelesneného duch. Každý vznik môže byť podľa nich vznikom z hmoty, alebo vznikom z ničoho. Avšak duch nemôže vzniknúť v dôsledku pretvorenia hmoty. Vzniká teda z ničoho, t.j. v dôsledku aktu stvorenia. Gilson píše, že boh tvorí každú ľudskú dušu individuálne v tom okamžiku, keď sa embryo stáva ľudským telom. Každá individuálna duša ako výsledok aktu stvorenia je svojho druhu konečná, lebo má svoj počiatok.