1999 prezidenta republiky volia občania Slovenskej republiky v priamych voľbách tajným hlasovaním. Podľa tohto zákona mení sa v článku 103 odsek 1 vek kandidáta za prezidenta z doterajších 35 rokov na 40 rokov. Po zvolení skladá prezident sľub do rúk predsedu NR SR. Jeho funkčné obdobie ústava stanovuje na 5 rokov, pričom tá istá osoba môže byť zvolená za prezidenta najviac vo dvoch po sebe nasledujúcich obdobiach. Ústava uvádza, ktoré funkcie a poslania sú nezlučiteľné s funkciou prezidenta republiky.
Kompetencia čiže právomoci prezidenta môžeme rozdeliť do viacerých oblastí:
a) smerom k zahraničiu – prezident SR dojednáva a ratifikuje medzinárodné zmluvy, zastupuje SR navonok, prijíma a poveruje vyslancov.
b) smerom k Národnej rade SR – zvoláva ustanovujúcu schôdzu NR SR, podpisuje zákony NR SR, má právo tzv. relatívneho veta, t.j. do 15 dní od schválenia môže rade vrátiť ústavný zákon s pripomienkami. Nemá však právo zákonodárnej iniciatívy – nemôže podávať návrhy zákonov. Má právo zúčastňovať sa rokovaní NR SR, podávať správy o stave republiky a o závažných politických otázkach, môže rozpustiť NR SR [ale len za podmienok stanovených v čl. 102 písm. d) ústavy].
c) smerom k vláde – vymenúva a odvoláva predsedu vlády a na jeho návrh aj ostatných členov vlády, prijíma demisiu vlády. Má právo zúčastňovať sa na schôdzach vlády, predsedať jej.
d) má právo menovať a odvolávať vedúcich ústredných orgánov a vyšších štátnych funkcionárov, menovať profesorov a rektorov vysokých škôl, vymenúvať a povyšovať generálov, menovať sudcov Ústavného súdu SR.
e) medzi výlučné prednostné práva [prerogatívy] prezidenta patrí právo udeľovať amnestiu, odpúšťať a zmierňovať tresty, nariaďovať, aby sa nezačalo trestné stíhanie, prípadne ho zastaviť. Môže udeľovať štátne vyznamenania.
Prezident republiky je hlavným veliteľom ozbrojených síl , na návrh vlády vyhlasuje vojnový stav, podľa rozhodnutia NR SR vypovedá vojnu a vyhlasuje referendum.
Ústava SR neformuluje všeobecnú zodpovednosť prezidenta, upravuje však podmienky, za akých možno prezidenta odvolať alebo stíhať. Prezidenta možno stíhať len pre vlastizradu [obžalobu podáva NR SR a rozhoduje o nej Ústavný súd SR] a odvolať len vtedy, ak vyvíja činnosť proti zvrchovanosti a územnej celistvosti Slovenskej republiky.
Najvyšším orgánom výkonnej moci je vláda, ktorej úlohou je zabezpečiť plnenie zákonov NR SR, zjednocovať, riadiť a kontrolovať činnosť ministerstiev a ostatných orgánov štátnej správy.