Príkazy na prácu s adresármi :
DIR – výpis obsahu adresára – zoznamu súborov
TREE – výpis adresárov a súborov v stromovej štruktúre
CD – určenie alebo zmena aktuálneho adresára
MD – vytvorenie nového adresára
RD – vymazanie adresára

Príkazy na prácu so súbormi :
COPY , COPY CON – kopírovanie súborov
DEL – vymazanie súborov
RENAME – premenovanie súborov
TYPE – výpis obsahu súboru na obrazovku

Počnúc verziou MS – DOS je súčasťou operačného systému aj antivírusová ochrana v podobe 2 programov VSAFE a MSAV. Dokážu identifikovať a v mnohých prípadoch aj odstrániť cca 1200 známych vírusov. VSAFE je rezidentný program a jeho ponuka vykonáva mnoho úloh. MSAV je druhým z antivírusových programov , ktoré sú súčasťou operačného systému MS – DOS .