Na úrovni fyzickej vrstvy je vyriešená výmena logických signálov medzi procesorom a prídavnými zariadeniami. Technické vybavenie toho istého druhu počítačov sa môže nepatrne líšiť ( rôzne grafické karty, rôzne operačné pamäte), práve preto sa operačný systém pri zapnutí počítača odvoláva na služby BIOSu. BIOS je skupina krátkych obslužných podprogramov zabezpečujúcich vstup znaku z klávesnice, výpis znaku na obrazovku, čítanie alebo zápis sektoru na disk a podobne. PC BIOS je uložený v pamäti ROM. Po štarte systému (zapnutí alebo resetovaní počítača) procesor začne vykonávať program vždy od adresy, kde začína štartovacia rutina BIOSu. Táto vykoná niekoľko kontrol (test operačnej pamäte, klávesnice, disketovej jednotky...), zavedie do pamäti prvý fyzický sektor z diskety (ak je založená) alebo z pevného disku a spustí zavedený kód ako strojový program. Systémová disketa alebo pevný disk obsahuje v prvom fyzickom sektore (tzv. BOOT-SEKTOR) zavádzač operačného systému, teda program, ktorý „rozumie“ zvyšnému obsahu systémového média a zavedie postupne do pamäti časti daného operačného systému. Spôsob ďalšieho nahrávania je naopak „plne v moci“ zavádzača, ktorý je súčasťou konkrétneho operačného systému. V prípade MS-DOSu základ operačného systému tvoria súbory IO.SYS., MSDOS.SYS, COMMAND.COM. IO.SYS Súbor, ktorý obsahuje príkazy a základné postupy všetkých vstupno-výstupných operácií.
MSDOS.SYS Súbor obsahuje vlastné interné príkazy a základné postupy operačného systému MS-DOS.
COMMAND.COM Tzv. interpreter operačného systému. Program, ktorý umožňuje komunikáciu užívateľa so systémom – pri akomkoľvek zadaní z klávesnice súbor COMMAND.COM toto zadanie interpretuje, preloží, dá ho k riešeniu príslušnému ďalšiemu programu, ošetruje niektoré chybové stavy a pod.

Súbory IO.SYS a MSDOS.SYS majú na disku pevné miesto (ukladajú sa ako prvé dva súbory v hlavnom adresári, ináč nazývanom aj koreňový, pri výpise sú neviditeľné). Tieto dva súbory sú proti náhodnému zmazaniu či presunutiu chránené svojimi atribútmi (vlastnosťami) „iba pre čítanie“, „skrytý“ a „systém“. Vďaka týmto atribútom nie je možné tieto základné príkazy MS-DOSu pre prácu so súbormi náhodne vymazať, presunúť ani skopírovať (jedine s použitím špeciálneho externého príkazu ATTRIB).
Program COMMAND.COM je uložený taktiež v hlavnom adresári. Môže byť však presunutý na iné miesto, ale je nutné v inicializačnom súbore CONFIG.SYS uviesť, kde je tento súbor uložený.