Pretože súbor nie je nijako chránený, všeobecne sa doporučuje uložiť v hlavnom adresári štartovacieho disku počítača a ešte raz uložiť jeho kópiu v adresári, kde je umiestnený operačný systém. Aby systém fungoval, musíte mať v koreňovom adresári minimálne tento jeden „viditeľný“ súbor.
Čiže zavádzač po odštartovaní nahráva a spúšťa program IO.SYS. IO.SYS zavedie do pamäti a spustí jadro operačného systému (súbor MSDOS.SYS) a MSDOS.SYS spúšťa interpreter príkazov COMMAND.COM, ktorý už umožňuje užívateľovi zadávanie systémových príkazov a spúšťanie ľubovoľných programov ich menom.
MS-DOS je úsporný jednoužívateľský diskovo orientovaný operačný systém. Umožňuje spúšťať programy uložené v diskových súboroch a organizovať dáta vo vonkajších pamäťových médiách. Pracuje na akomkoľvek počítači PC. Interpreter príkazov MS-DOSu pracuje v textovom režime (t.j. sám MS-DOS neponúka nijaké grafické „okná“, ale môže samozrejme spúšťať programy, ktoré si grafické prostredie vytvárajú). Osobný počítač je veľmi prispôsobivý stroj, ktorý môže byť zostavený z rady rôznych prvkov – spája ich práve operačný systém. Pri štarte operačného systému je však nutné, aby si MS-DOS „uvedomil“ existenciu ďalších zariadení a konfiguračných parametrov, ujednotil ich s činnosťou počítača a pripravil ich k bezchybnému použitiu. Popis týchto zariadení a konfiguračných prvkov je uložený v dvoch povelových súboroch, ktoré v systéme MS-DOS majú výsadné postavenie: konfiguračný súbor CONFIG.SYS a inicializačný súbor AUTOEXEC.BAT. Tieto súbory si všíma operačný systém pri štarte počítača, skôr ako sprístupní užívateľovi interpreter príkazov.
Súbor CONFIG.SYS, ktorý sa z oboch načíta ako prvý, obsahuje definíciu inštalácie všetkých ovládačov (driverov). Ide o malé programy, ktoré sú rezidentne - pevne umiestnené v pamäti a obsluhujú dané zariadenie či prvok počítača (obyčajne mená a parametre vstupno-výstupných ovládačov – periférie, ktoré sa majú pripojiť k jadru systému, napr. myš. CD-ROM atď.). Drivery obyčajne ovládajú aj konfiguračné parametre (počet otvorených súborov, vyrovnávaciu pamäť) a zvlášť ovládajú správu pamäte. CONFIG.SYS v pravom zmysle slova nie je povelový súbor, ale popis nastavenia systému.
Súbor AUTOEXEC.BAT je základným dávkovým súborom, ktorý môže obsahovať ľubovoľné príkazy, ktoré sa pri štarte automaticky prevedú a nie je nutné ich zadávať po jednom ručne. Najčastejšie nastavuje cestu k súborom a textový reťazec, ktorým sa systém po každom príkaze hlási (tzv. „prompt“). AUTOEXEC môže končiť tiež spustením nejakého programu (napr. Norton Commanderu, T602), alebo prechodom do iného systémového prostredia (Windows).