Súborový systém určuje spôsob pozície a rozmiestnenie adresárov a súborov na diskoch. Všetky súbory sú v operačnom systéme organizované do stromovej štruktúry. Meno súboru môže byť ľubovolne dlhé a môže obsahovať aj bodky, ale dlhšie ako 16 znakov sa z praktických dôvodov nedoporúča používať. Veľké a malé písmená sa rozlišujú.

Hviezdičková konvencia

Je zástupný znak, ktorý nahradzuje 0 až n znakov v názve súboru. Príklad: pod *. txt spadajú všetky súbory končiacena .txt. Pod a.*doc spadajú vsetky súbory začínajúce a končiace na .doc a zároveň dĺžka ich mena musí byť 5 znakov (a.doc).
MS DOS - názov súboru tvorený v tvare ,,8.3" co znamená, že názov súboru môže byť tvorený z 0-8 znakov a môže mať (ale nemusí) príponu s dĺžkov 1-3 znaky. Názov súboru nemôže obsahovať medzery ani špeciálne znaky.
Windows - názov súboru môže obsahovať aj 2 prípony, môže byť ľubovoľne dlhý, môže obsahovať špeciálne znaky aj medzery.

Adresár (Folder)

Adresár (directory) alebo podadresár (subdirectory) je priestor na diskovom médium (HD,FD, RAM-disk), ktorý môže obsahovať súbory a adresáre. Adresáre tvoria hierarchicky stromovú štruktúru. Výrazy adresár a podadresár majú v podstate rovnaký význam. Adresár je určený menom a príponou podľa takých istých pravidiel ako súbor, ale prípona sa väčšinou nepoužíva. Pre adresáre sa nedá použiť hviezdičková konvencia. Súbory a adresáre možno vytvárať , mazať, premenovať, alebo ich presunúť a kopírovať na iné miesto v adresárovej štruktúre disku.

Na disku je vždy jeden adresár, ktorý sa nazýva hlavný (koreňový, Root). V rôznych adresároch môžu byť podadresáre a súbory rovnakých mien a typov. Podadresár je adresár, ktorý sa už nachádza v nejakom adresáre. Aktuálny adresár je adresár, v ktorom prave robíme. Cesta (path) je zoznam všetkých adresárov a podadresárov od hlavného adresára až po daný súbor. Pri písani cesty sú názvy jednotlivých adresárov oddelené spätným lomítkom (súčasné stlačenie pravého Alt a klavesy q). Napríklad C:GamesBlokyStart.exe

Práca so súbormi
del názov súboru - vymaže uvedený súbor. Možno použiť aj zástupné znaky. Napríklad del *.bak vymaže všetky súbory s príponou .bak v aktuálnom adresári.
erase názov súboru - ako príkaz del.
copy cesta_zdroj cesta_cieľ- kopíruje zdrojový súbor na cieľový súbor. V prípade aktuálneho adresára netreba zadať cestu. Napríklad copy *.* C:Pracovný skopíruje všetky súbory v aktuálnom adresári do adresára C:Pracovný.
type názov textového súboru - zobrazí obsah zadaného textového súború na obrazovku. Nemožno použiť zástupné znaky.

Práca s adresármi
Pri práci s adresármi nemožno použiť zástupné znaky.
md názov adresára - vytvorí adresár ako podadreár aktuálneho adresára.
rd názov adresára – vymaže daný podadresár aktuálneho adresára.
cd cesta - nastavi sa na aktuálny adresár daný cestou. Miesto cesty možno zadať názov podadresára.
cd.. o adresár vyššie v stromovej struktúre, cd na koreňový adresár (root).