Nejde však o typickú infekciu, pretože je možné, že inštrukcia je vložená nesprávne, a preto vírus riadenie vôbec nedostane.

2. Po prebratí riadenia vyhľadáva vírus nový program a zapisuje svoju kópiu do tohto nenainfikovaného programu, a to väčšinou na koniec súboru, zriedka na jeho začiatok. Pokiaľ vírus zapisuje na koniec programu, koriguje vstupný kód nového hostiteľa tak, aby sám získal riadenie ako prvý, a pôvodný vstupný kód umiestňuje v svojom tele. Existujú však aj iné prípady, kedy sa vírus zapisuje do inej časti, napr. do oblasti zásobníka.

3. Takto prebiehajúca infekcia je charakteristická pre každý vírus napádajúci súbory. Vírusy však môžu okrem množiacich sa častí obsahovať časť deštruktívnu, označovanú ako trójsky kôň alebo vyššie spomínaná časovaná bomba. U osobných počítačov, napr. v operačnom systéme MS DOS, nachádzame aj druhú kategóriu vírusov, a to tzv. bootové vírusy, t.j. vírusy, ktoré napádajú zavádzacie oblasti na vonkajších magnetických médiách: disketách a pevných diskoch. Koncepcia takéhoto vírusu vychádza zo skutočnosti, že základný vstupno - výstupný systém (BIOS) vykonáva z týchto oblastí zavádzanie operačného systému do pamäti počítača. Ak obsahuje zavádzací sektor diskety alebo disku (bootsektor) resp. rozdeľovacia tabuľka pevného disku (partition table) vykonávateľný kód, je tento kód zavedený do pamäti. Ak obsahuje táto tabuľka kód vírusu, je do pamäti zavedený vírus, ktorý zostáva v pamäti rezidentne a tento vírus potom sám zavádza operačný systém. Infekcia sa potom väčšinou šíri nie pomocou súborov, ale nainfikovanými sektormi pružných diskov.

Väčšina vírusov infikuje bootsektor, ale niektoré infikujú rozdeľovaciu tabuľku a sú extrémne nebezpečné. Pôvodnú tabuľku zachovávajú nepresne, a tak je potom možné, že sa ľahko prepíše. V takomto prípade sa dá počítať prinajmenšom so stratou údajov; často však musíme vykonať tzv. low-level alebo nízkoúrovňový formát pevného disku.

TRÓJSKE KONE

Trójskymi koňmi bývajú označované programy, ktoré okrem užitočnej funkcie obsahujú skrytú časť, ktorá sa dá aktivizovať po splnení určitej podmienky (zvyčajne ide o viazanosť na určitý dátum, napr. 1. apríl, piatok trinásteho, dátum narodenia Michelangela 6. marca, Nový rok alebo Vianoce).