Maštaľný vzduch obsahuje v porovnaní s atmosferickým vzduchom asi o 1 % menej kyslíka, obsahuje však viac oxidu uhličitého, taktiež obsahuje čpavok a sírovodík, ktorých množstvo závisí od priestrannosti a obsadenia maštale. Oba tieto plyny sú pre zdravie koní škodlivé. Taktiež je pre kone škodlivý organický a anorganický – minerálny prach, preto sa kone nemajú chovať v blízkosti prašných ciest s intenzívnou prevádzkou a v blízkosti sídlisk. Hygiena pôdy – z hľadiska fyzikálnych vlastností sú najlepšie hrubozrnné pôdy, sú kypré, priepustné, vhodné jednak na stavbu maštalí, jednak na zakladanie výbehov a pasienkov, ako aj na pestovanie zeleného krmu, sena a zrnovín. Chemické zloženie pôdy je dôležité pre jej úrodnosť, pre akosť krmív vyjadrenú obsahom živín. Biologické vlastnosti pôdy ovplyvňujú mikroorganizmy. Niektoré z nich sú však patogénne a sú príčinou chorôb. Tiež môže byť pôda zdrojom cudzopasníkov. Hygiena vody – voda je hlavnou súčasťou telesných tkanív, krvi a lymfy, ktoré jej obsahujú 50-70%. Voda je rozpúšťadlom pri fyziologických a chemických pochodoch v tele pri trávení, zažívaní a celej látkovej premene. Pomocou nej odchádzajú odpadné látky z tela von, preto ju kôň potrebuje v značnej miere. Pitná voda je okrem toho aj dôležitým zdrojom minerálnych látok. Z potokov, riek je voda mäkká a bohatá na minerály, ale môže byť znečistená rôznymi prímiešaninami. Najvhodnejšia je voda zo studní a podzemných prameňov.
Hygiena krmív pre kone – ochorenie koní môže zapríčiniť nielen nedostatočná kŕmna dávka, ale aj zdravotne chybné krmivo, ktoré môžu byť znečistené pieskom, prachom, blatom alebo chemickými látkami alebo znehodnotené jedovatými rastlinami, ako sú jesienka, blen, bolehlav, vranie oko, iskerník. Skrmovanie slamy alebo sena napadnutého hrdzou alebo sneťou spôsobuje nechutenstvo, hnačky a koliky, prípadne i nervové poruchy. Nedostatok alebo nadbytok minerálnych látok a vitamínov býva tiež príčinou zdravotných porúch koní. Hygiena pasienkov – pre začiatkom pasenia, prípadne počas pastevného obdobia treba zistiť, či pasienok nie je zdrojom cudzopasníkov alebo mikróbov. Na pasienkoch sa majú vysádzať stromy a zriaďovať prístrešky, ktoré poskytujú koňom tieň, tiež treba zabezpečiť hygienické napájanie a na pasienkoch sa majú zberať výkaly, v ktorých sú vajíčka škrkaviek a rozhŕňať krtince, prípadne mraveniská.
Hygiena maštalí pre kone – teplota vzduchu v maštali pre kone má byť min. 6 C, optimálne 12 C a maximálne 25C, relatívna vlhkosť vzduchu má byť 75 %, max. 80%.