Prevencia koní pred chorobami je súbor ochranných opatrení pred chorobami, a predbežných zákrokov proti vzniku a šíreniu chorôb. Nepriamo sa chorobám prechádza tým, že sa na plemenitbu vyberajú a používajú iba zdravé a konštitučne silné jedince, ako aj tým, že sa kone dobre a správne kŕmia. Bezprostredne sa kone chránia pred ochorením tak, že sa zamedzí styk chorých koní so zdravými, taktiež sa zamedzí vstup hydine, psov, mačiek a cudzích osôb, vtákov, hlodavcov, hmyzu do maštale. V prípade potreby bojujeme proti vzniku a šíreniu chorôb dezinfekciu, dezinsekciou, deratizáciou, ochranným očkovaním a vyšetrovaní vzoriek krmív, vody, výkalov a krvi koní.

Dezinfekcia – súhrn opatrení a spôsobov na ničenie škodlivých mikróbov a choroboplodných zárodkov dezinfekčnými prostriedkami (fyzikalné a chemické).
Chemické: lúh sodný, hasené, chlórové vápno, chlóramín, fenol, formalín, kreolín,
Rozoznávame dezinfekciu:
- preventívnu – cieľom je chrániť zvieratá pred vypuknutím nákazy, aspoň 2x do roka, najprv sa maštaľ vyčistí, potom sa dezinfikuje postrekom 2% chlóramínu a bieli sa 5% vápenným mliekom
- bežnú – používa sa vtedy, keď zviera v maštali už ochorelo alebo uhynulo a je pritom podozrenie z nákazlivého ochorenia
- záverečnú – robí sa bezprostredne po utlmení nákazy a zrušení karantény. Dezinfikuje sa náčinie a náradie a maštale sa po dezinfekcii dôkladne vybielia.

Dezinsekcia – súhrn prostriedkov a spôsobov na ničenie hmyzu. Hmyz a parazity sa nepriamo ničia starostlivým čistením kože, pri ktorom odstraňujeme nielen kožné parazity, ale aj ich larvy a vajíčka. V letnom období ničíme najmä hmyz, a to postrekom chemickými prostriedkami, pričom sa ním síce ničí dospelý hmyz, prípadne jeho larvy, no neničia sa vajíčka, ktoré sú veľmi odolné. Preto sa musí dezinsekcia v určitých intervaloch opakovať. Deratizácia – súhrn opatrení, a to preventívnych i priamych, na ničenie myší a potkanov. Na ničenie týchto hlodavcov sa používajú jedy (uhličitan barnatý, oxid arzeničitý, fosfor a strychnín) zmiešané s návnadami (napr. miaganý ovos). Jedovaté návnady sa musia dávať do dier tak, aby neboli prístupné pre ostatné zvieratá alebo pre ľudí, najmä pre deti. Nepriamo sa proti nim bojuje odstraňovaním zvyškov krmív z válovov, chodieb a z maštalí, ako aj utesnením okien a dverí v skladoch a na sýpkach. Ochranné očkovanie – opatrenie, pri ktorom aplikujeme do organizmu určité látky, aby sme zabezpečili jeho imunitu voči vírusom alebo mikroorganizmom, ako aj voči ich zárodkom a toxínom, ktoré vyvolávajú rôzne choroby.