Bolo to spôsobené zložitosťou procesu implementácie programu PHARE a neschopnosťou finančnej participácie zúčastnených krajín pri jeho realizácii. Podiel každej krajiny sa stanovuje na základe počtu jej obyvateľov, výšky hrubého domáceho produktu a kvalitatívnych kritérií vymedzených úniou. Záväzky, kontrakty a vyplatené sumy PHARE podľa štátov znázorňuje tabuľka. Ako vidieť, Slovensko dokázalo absorbovať len polovicu z pridelených prostriedkov, čo je pomerne malo ak sa porovnáme so Slovinskom, s jeho 97 percentami úspešnosti.

Čerpanie prostriedkov PHARE v období 1990 – 1996

Štát Záväzky v mi. Ecu Kontrakty v mil. Ecu V % Vyplatené čiastky v mil Ecu V %
Bulharsko 538,2 341,4 63 308,2 57
Česká republika 284 96,1 34 105,9 37
Estónsko 130,3 65,1 50 38,2 29
ČSFR 232,2 228,4 98 226 97
Maďarsko 683,8 461,8 67 459 67
Lotyšsko 132 82,9 63 49,5 37
Litva 179 108,7 61 65,7 37
Poľsko 1389,5 862,9 62 858,5 61
Rumunsko 726,1 491 68 406,3 56
Slovensko 130,9 73 56 70 53
Slovinsko 91 90,3 99 88,3 97
Mnohonárodné programy 704,2 486,8 69 373 53
Plošné programy 742,6 474,2 64 323,6 44
Spolu 6636,1 4301,8 65 3727,2 56


Koncom marca 1997 Európska komisia schválila v Bruseli nové orientácie programu PHARE formu informačnej nóty Zásady novej politiky pre program PHARE v rámci predvstupovej pomoci, ktorou sa program stáva hlavným nástrojom EÚ pri kooperácii s krajinami strednej a východnej Európy, pri podpore vstupu do EÚ a určovaní celkovej integračnej stratégie. Hlavným zameraním programu sa stalo:
• budovanie inštitúcií (30%), ktoré zahŕňa posilnenie demokratických inštitúcií, právnych noriem, verejnej správy a všetkých orgánov zodpovedných za verejné práce, podporu na zriadenie potrebných inštitucionálnych a administratívnych štruktúr a školení pracovníkov, ktorí budú v praxi aplikovať súbor právnych noriem EU (aquis communautaire),
• investičná podpora (70%), ktorá sa sústreďuje na reštrukturalizáciu poľnohospodárstva, regionálny rozvoj a investovanie do ľudských zdrojov, zosúladenie s normami EÚ najmä v oblasti životného prostredia, poľnohospodárstva, priemyslu, dopravy a spojov, spolufinancovanie veľkých infraštuktúrnych projektov, rozvoj malých a stredných podnikov. V roku 1999 sa skončil viacročný indikatívny program pomoci Európskej komisie kandidátskym krajinám na obdobie 1994 – 1999 a Slovenská republika patrila medzi krajiny, ktoré zlepšili využívanie prostriedkov programu. Od začiatku poskytovania pomoci Európskej únie cez program PHARE sa pravidlá a priority pomoci s postupom času vyvíjali.