V roce 1942 byla utvořena holdingová společnost Waffen Union Škoda - Brünn, čímž sice byla formálně vyčleněna z Koncernu RWHG, ale zůstala v přímé podřízenosti maršálu Göringovi, jenž zastupoval německý stát.
Výroba se rychle přeorientovala na nové podmínky: vyráběly se nábojnice, dělostřelecké granáty, součástky pro letadla, chladiče pro BMW, motory pro traktory do Rumunska atd. Civilní výroba každým rokem klesala, úměrně tomu, jak rostla válečná produkce. Asi nejzajímavějším vozem té doby je tzv. RSO (Radschlepper Ost, typ Porsche 175), těžký vojenský tahač s náhonem na všechna 4 kola, určený pro snadné dobývání ruského bažinatého terénu. Bohužel masivní ocel, která měla být kladem, především zajistit bezpečí posádky, způsobila, že vůz měl potíže i se zdoláváním obyčejných českých rozbahněných luk.
V posledních dnech války, resp. 1 den po podepsání kapitulace, německá Luftwaffe mladoboleslavský podnik vybombardovala. Spekulace o tom, že se jednalo o sovětské letectvo se nepodařilo potvrdit. Za velikého úsilí se ale podařilo už koncem května částečně rozběhnout výrobu a v červnu vyjely první vozy, smontované především z dílů vyrobených za války. Předválečný Popular 1101 prošel modernizací a přišel na trh pod číselným označením 1101. Na dlouhou dobu firma používala pro své vozy pouze číselné značení, ke jménům modelů se vrátila až v 60. a pak znovu v 80. letech uvedením vozu Favorit. Zajímavostí je, že i populární „tisícovka“ se rovněž původně měla prodávat pod tímto jménem.
V roce 1946 ve volbách zvítězila komunistická strana, jež po Únoru 1948 získala takřka neomezenou moc nejen v politickém ale i hospodářském životě, a co bylo horšího, na mnoho let i v soukromí všech obyvatel země. V roce 1945 byl podnik znárodněn a mladoboleslavská automobilka vyčleněna jako samostatný podnik. ASAP se přeměnila na AZNP (Automobilové závody, národní podnik). Během následujících let byly k podniku přičleněny i výrobní závody ve Vrchlabí a v Kvasinách. Ve Vrchlabí založil 1864 Ignác Theodor Petera Továrnu na kočáry a anglické sedlářství a firma proslula (po roce 1908) především karosováním nejrůznějších automobilů, mj. z Mladé Boleslavi. V Kvasinách František Janeček, zakladatel a spolumajitel, vybudoval ve třicátých letech automobilku Jawa (Janeček-Wanderer). Dodnes jsou to pobočné závody automobilky Škoda. Z vozů název Škoda totiž nezmizel nikdy, přestože se o šlechtě smýšlelo jako „třídním nepříteli“, o hamižném původci všeho bezpráví a sociální nerovnosti a plzeňská strojírna se oficiálně nazývala Závody V.I. Lenina.

Totální rekonstrukcí a modernizací, tedy v podstatě vybudováním nového závodu, prošla boleslavská automobilka na počátku 60. let. KSČ, ústavou „posvěcená“ vedoucí síla ve státě, už mnoho let toužila nabídnout automobil širokým vrstvám, a proto byl vyvíjen tzv. lidový vůz.