Po case sa vytvorili dve reprezentacne funkcie, urady. Jeden, ktory zastupoval zidovske zaujmy svetskeho charakteru (exilarcha) a druhy, ktory predstavoval duchovnu autoritu (Gaon). Gaonmi sa stavali veduci akademii. Skolsky system zidovskych akademii v Babylone je este aj dnes vzorovym prikladom systemu dalsieho vzdelavania dospelych. Dvakrat pocas kalendarneho roka sa zisli v akademii vedci a znalci Halachy, aby pocas mesacneho pobytu prebrali celu Misnu, vetu za vetou. Nad spornymi alebo nejasnymi miestami sa diskutovalo, konali sa prednasky, syntetizovali vysledky diskusii a vsetko nove sa zapisovalo. Po skonceni "akademickeho" mesiaca nasledoval niekolko dni trvajuci cyklus prednasok, ktory vsetkym zaujemcom, teraz uz v synagoge, popularnou formou vysvetloval uvod k Zakonu a jeho vyklad. Prednasky viedol veduci akademie. Tak sa zabezpecila spojitost vyskumu a vzdelavania. Vysledkom prace niekolkych generacii ucencov na akademiach v Babylone je babylonsky Talmud, presnejsie povedane Babylonska Gemara. Jej konecnu redakciu previedol koncom 5. storocia Rav Asi a jeho ziak Ravina. Jestvuje aj jeruzalemska forma Gemary, ale ich porovnanie vyrazne poukazuje na prednosti skolskeho a vedeckeho systemu v Babylone. Rav Asi a jeho ziaci akymsi tusenim opat predbehli udalosti. Redakciu Gemary urobili pred obdobim prenasledovania Zidov v babylonskej risi. Je velmi pravdepodobne, ze o niekolko rokov neskorsie by uz nebolo mozne dokoncit tuto pracu. Prvym signalom zhorsujucej sa situacie v Babylone bolo panovanie krala Jasdigara III. (440 - 457). Za jeho panovania ziskali znacny vplyv manichejski mnichovia a magovia. Nabozenska netolerancia sa obratila v prvom rade proti krestanom, ktori boli podozrivi, ako prirodzeni spojenci krestanskej Byzancie. V mensej miere sa zhorsenie situacie dotklo aj velmi pocetnej zidovskej komunity. Tento trend sa este zvyraznil za panovania Jasdigarovho syna Peroza I. (458 - 485), ktoreho zidovske pramene opisuju ako Peroza Zleho. Za jeho panovania sa nabozenska intolerancia obratila aj proti Zidom. Ich skoly boli zavrete, synagogy zburane a vela Zidov muselo opustit krajinu z obavy o svoju bezpecnost a zivot. Z utecencov z Babylonu sa sformovali zidovske komunity v Arabii a vzdialenej Indii. Koncom 5. storocia vzniklo na pode Babylonu nezavisle zidovske kralovstvo pod vedenim exilarchu Mar Sutru. Bolo to pocas panovania krala Kabada I. (488 - 531), ked sa Perzka risa ocitla v stave chaosu. Nepokoje sa preniesli az na kralovsky dvor a kral Kabad bol zosadeny a uvazneny. V case vseobecneho bezvladia vyhlasil Mar Sutra nezavislost oblasti obyvanej prevazne zidovskym obyvatelstvom. Jeho kralovstvo jestvovalo len sedem rokov a skoncilo sa restauraciou moci Kabada I. ktory zidovsky stat vojensky dobyl a Mar Sutru spolu s jeho starym otcom Rabi Haninom ukrizoval na moste v Mahose. Posmrtne narodeny syn Mar Sutru bol vychovany v ustrani a po dosiahnuti 18 rokov veku odcestoval do Palestiny, kde sa ujal vedenia Sanhedrinu. Aj napriek tejto historickej epizode sa pomery v Perzkej risi stabilizovali a v neskorsom obdobi nachadzame dokonca Zidov sluziacich v perzkej armade. Dokazuje to primerie, ktore uzavrel legendarny byzantsky vojvodca general Belisar pocas vojny s Perziou. Primerie bolo uzavrete na ziadost perzkej armady pocas Pesachu, kedze na strane Perzanov bojovalo vela zidovskych vojakov. Po skonceni obdobia prenasledovania sa obnovila aj studijna cinnost, Talmud presiel dalsimi nepatrnymi zmenami, ale povodnu uroven vzdelavacieho systemu sa uz nepodarilo obnovit.