Roku 1930 vystúpil na konferencii Muslimskej ligy urdský mysliteľ a básnik Muhammad Ikbál s myšlienkou, že indickí muslimovia by sa mali sústrediť na spoločnom území. V 40-tych rokoch jeho predstavu doviedol do dôsledkov Muhammad Alí Džinnáh, keď v rokovaniach o usporiadaní krajiny po odchode Britov z Indie nekompromisne presadzoval vytvorenie samostatného a nezávislého muslimského štátu Pakistan, ktorý mali vytvoriť územia s prevahou muslimského obyvateľstva. Pri svojej argumentácii sa opieral hlavne o teóriu dvoch indických národov, muslimov a hinduistov. Táto teória, ktorá sa stala aj súčasťou stanov Muslimskej ligy, vychádzala z predpokladu, že hlavným znakom národa je náboženské vyznanie. Pravdaže, do Džinnáhovej predstavy muslimského národa nezapadali muslimovia v ostatných častiach sveta, ale len indickí muslimovia, ktorých okrem náboženstva spájala aj spoločná minulosť, spoločná tradícia a sociálne zvyklosti, literatúra a kultúrne a spoločenské inštitúcie.

S teóriou dvoch národov sa nestotožnila väčšina hinduistických politikov, najmä Mahátma Gándhí, ktorý sa do posledného dychu usiloval zabrániť rozdeleniu Indie na náboženskom princípe, ale Briti túto myšlienku napokon prijali a podporili Džinnáha. Tak v roku 1947 vznikol Pakistan, ktorý síce zjednocoval územia bývalej Britskej Indie s početnou prevahou muslimov, ale súčasne sa stal národnostne aj jazykovo, a napokon aj kultúrne veľmi rôznorodým štátom.
Už vzniku Pakistanu predchádzali nielen politické rokovania, ale aj nepokoje medzi muslimami a hinduistami, ktoré sa neraz skončili krvavo. Krvavé zrážky sa vystupňovali po rozdelení Indie najmä v Pandžábe a Bengálsku, kde dochádzalo k veľkým presunom obyvateľstva medzi hinduistickými a muslimskými časťami. Krviprelievanie neprispelo k priateľskému vzťahu medzi novovytvorenými štátmi.

Do čela nových nezávislých štátov sa dostali bývalí nezmieriteľní politickí rivali, v Indii Džaváharlál Néhrú a v Pakistane Muhammad Alí Džinnáh, ktorí museli vyriešiť viacero sporných otázok. Patril medzi ne napríklad problém majetku presídlencov, problém bývalých spoločných podnikov, využitie náboženských objektov, organizácia muslimských a sikhských pútí, ale napríklad aj otázka prejazdu pakistanských štátnych príslušníkov cez indické územie zo Západného Pakistanu do 1600 kilometrov vzdialeného Východného Pakistanu.

Dlho sa vliekli najmä spory o využití vody riek, ktoré zásobovali zavlažovacie systémy, životne dôležité pre poľnohospodárstvo v obidvoch štátoch. Väčšina zavlažovaných polí pripadla Pakistanu, ale pramene riek a regulačné kanály zostali v Indii. Rokovania o tomto probléme sa ťahali neuveriteľných trinásť rokov a uzavreli sa až roku 1960 za prispenia Medzinárodnej banky pre rekonštrukciu a rozvoj v Londýne dohodou, že vodu Indu, Džihlamu a Čanábu bude využívať Pakistan a voda Ráví, Satladže a Bjásu pripadne Indii.

Nepriateľstvo medzi Indiou a Pakistanom, udržiavané napätými vzťahmi v Kašmíre, sa znovu naplno rozhorelo začiatkom sedemdesiatych rokov, keď západopakistanská vláda musela čeliť boju východnej časti svojho štátu za vytvorenie úplnej regionálnej autonómie, ktorý napokon prerástol do boja za vytvorenie samostatného nezávislého štátu Bangladéš. Vláda vyslala do Bengálska armádu, ktorá mala potlačiť separatistické tendencie. Pri útokoch armády zahynuli tri milióny Bengálcov a desať miliónov ich utieklo do susednej Indie, čím ju ekonomicky neúnosne zaťažili. Aj to isto uľahčilo Indii rozhodnutie zapojiť sa do vojny a indická armáda prispela k úplnej kapitulácii pakistanskej armády a k vytvoreniu nezávislého Bangladéša.

Indicko-pakistanské nepriateľstvo vyhrocujú aj nie neoprávnené podozrenia z podporovania separatistických snáh v obidvoch štátoch. V Indii to bola v osemdesiatych rokoch snaha sikhských separatistov vytvoriť si samostatný štát Chálistan a v deväťdesiatch rokoch separatistické tendencie v Asáme, Pakistan obdviňuje Indiu z pomoci protivládnym živlom v Sindhe.

Susedské vzťahy udržiavala v sústavnom napätí aj skutočnosť, že India ani Pakistan sa nikdy netajili vývojom a skúškami rakiet stredného doletu, ktoré sú schopné niesť jadrovú hlavicu, ani jadrovými výskumami, ktoré obe krajiny pociťovali ako vzájomnú hrozbu. India roku 1996 odmietla podpísať Zmluvu o zákaze skúšok jadrových zbraní a v máji roku 1998 uskutočnila päť podzemných jadrových skúšok, ktoré vyvolali v Pakistane búrlivé demonštrácie. Účastníci demonštrácií sa dožadovali zachovania "národnej cti a hrdosti" a rovnováhy a vyzývali vládu, aby podporila jadrové skúšky. Zakrátko Pakistanci demonštrovali svoju pripravenosť vzdorovať Indii a uskutočnili päť jadrových skúšok. V nasledujúcich mesiacoch museli India aj Pakistan čeliť medzinárodnému odsúdeniu aj ekonomickým sankciám zo strany USA, Európy a Japonska, preto sa stretli predstavitelia oboch krajín, aby sa pokúsili vyriešiť dlhotrvajúce problémy. Nepodarilo sa im to, rovnako ako na summite roku 2001. Až začiatkom roka 2004 vrcholní predstavitelia Indickej republiky a Pakistanu prejavili vôľu riešiť kašmírsky problém dohodou.