SIS vznikla na základe nariadenia prezidenta Roosvelta v roku 1940, jej úlohou bolo monitorovať aktivity Nemecka a jeho spojencov v Južnej Amerike. Týmto sa položili základy tzv. Legal Attache Offices, akýchsi oficiálnych zastúpení FBI mimo územia Spojených štátov. Roky 1945 - 2001
Po Druhej svetovej vojne sa fenoménom, ktorý nedával spať americkým predstaviteľom, stalo rozširovanie komunizmu. Právomoci FBI na poli vyšetrovania špionáže a sabotáží na území USA, ktoré sa postupne definovali v rokoch 1917, 1939 a 1943 sa opäť rozšírili. Každá verejná alebo súkromná agentúra, disponujúca údajmi, ktoré mohli ohroziť národnú bezpečnosť, musela ich nahlásiť FBI. Zvýšila sa aj právomoc prešetrovania minulosti súčasných a budúcich vládnych zamestnancov, tzv. background investigation.
Druhou oblasťou, ktorá zamestnávala FBI, bolo vyšetrovanie americkej mafie, známej ako La Cosa Nostra.
Počet zamestnancov sa v 50-tych rokoch ustálil na počte 6200. V roku 1950 sa uvádza do praxe systém Najhľadanejšie osoby Ameriky.

Zavraždením prezidenta Kenedyho 22. 11. 1963 sa začína éra známa ako "Sixties". Je charakterizovaná idealizmom, vojnou vo Vietname a protivojnovými demonštráciami. Toto obdobie trvalo skoro do polovice 70-tych rokov.
Dňa 2. 5. 1972 umiera vo veku 77 rokov J. Edgar Hoover. Vo funkcii riaditeľa FBI bol 48 rokov. O deň neskôr, 3. 5. 1972 vymenuváva prezident Nixon za dočasného riaditeľa FBI L. Patricka Greya III. Grey bol prvý riaditeľ FBI, ktorý do funkcie agenta prijal ženu. V máji 1972 bola na námornej základni v Quanticu (Virginia) otvorená novovzniknutá Akadémia FBI.
17. júna 1972 zatkli piatich mužov vo chvíli, keď chceli inštalovať v hoteli Watergate odpočúvacie zariadenie. Z následného vyšetrovania vyplynulo, že vlamači boli v spojení s Bielym domom a Výborom pre znovuzvolenie Nixona. Biely dom sa pokúsil túto aféru zahladiť. V súvislosti s aférou stiahol Grey svoj návrh na vymenovanie za šéfa FBI. 27. 4. 1973 je do funkcie riaditeľa vymenovaný William D. Ruckelshaus. O tri mesiace neskôr, 9. 7. 1973 je do funkcie riaditeľa vymenovaný Clarence Kelley, šéf polície v Kansas City. Kelley bol agentom FBI v rokoch 1940 až 1961.

Kelleyho hlavnou úlohou po nástupe do funkcie bolo napravenie pošramotenej povesti FBI v súvislosti s aférou Watergate, na to malo poslúžiť niekoľko zmien, ktoré nariadil, napr. zmena výberu vedenia FBI atď. Počas jeho pôsobenia sa riaditeľstvo v roku 1975 presťahovalo do novej budovy s názvom J. Edgar Hoover FBI Building.

V roku 1978 vystriedal Kelleyho federálny sudca William H. Webster. Riaditeľom bol až do roku 1987, kedy sa stal riaditeľom CIA.