V roku 1982 povýšil boj proti terorizmu na národnú prioritu. Zvýšil aj úsilie vo sfére kontrašpionáže, organizovaného zločinu a zločinu v "bielych golieroch". Zosilnenie zaznamenal hlavne boj proti korupcii. Výsledkom toho bolo vyšetrovanie členov Kongresu (ABSCAM), sudcov, advokátov, šerifov a policajtov v chicagskom Cook County (GREYLORD) a ďalších prípadov.

2. 11. 1987 nahradil Webstera bývalý federálny sudca William Steele Sessions. Pád Berlínskeho múru a následný koniec Studenej vojny znamenal zmeny aj pre FBI. V januári 1992 bolo z kontrašpionáže preradených 300 agentov na oddelenie násilných trestných činov.
Keďže za posledných 10 rokov sa počet násilných trestných činov v tomto období zvýšil o 40%, Sessions priradil vyšetrovanie týchto činov do oblasti národnej priority.
V apríli roku 1993 sa FBI zúčastnila obliehania farmy v texaskom Wace, v ktorej sa opevnil David Koresh, vodca sekty Davidiánov. Obliehanie prišlo potom, ako príslušníci perfektne vyzbrojenej sekty zabili štyroch agentov ATF (Bureau of Alcohol, Tobacco and Firearms), ktorí prišli pátrať po zbraniach. Prislušníci sekty napokon spáchali hromadnú samovraždu upálením.

V roku 1993 je pre nedostatky v riadení FBI odvolaný riaditeľ Sessions, na jeho miesto dočasne nastupuje jeho zástupca Floyd I. Clarke. 1. 9. 1993 je do funkcie riaditeľa menovaný Louis J. Freeh. Freeh bol agentom FBI v rokoch 1975 - 1981 v terénnom úrade v New Yorku a na veliteľstve FBI vo Washingtone. Šesť týždňov po prevzatí funkcie oznámil rozsiahlu reorganizáciu veliteľstva FBI. Vybrané oddelenia sa buď spojili, zreorganizovali alebo boli zrušené. Následne 600 agentov previedol z administratívnych na vyštrovacie činnosti.
V lete 1994 viedol Freeh delegáciu, ktorá rokovala s predstaviteľmi 11 európskych krajín. Boli to Rusko, Nemecko, Česká republika, Slovensko, Poľsko, Maďarsko, Rakúsko, Ukraina, Litva, Lotyšsko a Estónsko. V júli 1994 Freeh oficiálne otvoril úrad FBI v Moskve, tzv. Legal Attache Office. Jednou z prioritných oblastí FBI sa po skončení studenej vojny stal boj proti terorizmu. Táto orientácia sa ešte posilní po útokoch na WTC 11. septembra 2001.

Po odchode Freeha z funkcie, sa dočasným riaditeľom stal Thomas J. Pickard. Súčasným riaditeľom je od roku 2001 Robert S. Mueller, III.