V systému podélného řízení je použit pružinový mechanismus, který zmenšuje sílu na řídící páce při výchylkách výškovky větších než 11-13° na přitažení. Přistávací zařízení tvoří dvojice hlavních podvozků v křídle zatahovaných směrem k trupu a příďový podvozek zatahovaný směrem dopředu. Rozchod podvozku je 2,44 m, rozvor 4,39 m. Kola hlavního podvozku mají hydraulicky ovládané dvoudiskové brzdy a bezdušové pneumatiky. Příďové kolo je nebržděné a má nízkotlakou bezdušovou pneumatiku. Drážka v rovině symetrie pneumatiky zlepšuje stabilitu vedení pneumatiky a tlumí boční kmitání. Neřízená volně otočná příďová noha má maximální vytočení ± 60°. Odpružení a tlumení všech tří podvozků zajišťují olejopneumatické tlumiče. Pohonná jednotka je dvouproudový dvouhřídelový motor AI-25TL o maximálním statickém tahu 16,87 kN s obtokovým poměrem 2 a celkovým stlačením 9,5. Doba akcelerace z volnoběhu na maximální režim je 9-12 s. Motor se skládá z pevného vstupního ústrojí, axiálního kompresoru, skříně pohonů, prstencové spalovací komory, a třístupňové axiální turbíny. Součástí motoru je dále směšovací komora, prodlužovací roura a pevná výstupní tryska. Přehled verzí letounu:

L-39C základní verze letounu, které odpovídá výše uvedený popis. Má pouze dva závěsníky s únosností 250kg. L-39Z, ZO, ZA verze se zesíleným křídlem, které nese čtyři závěsníky a instalovaným kanonem GŠ-23 ráže 23 mm se zásobou 150 nábojů. Vnitřní závěsníky mají nosnost 500 kg, vnější pouze 250 kg a lze na ně zavěsit raketovou výzbroj a to buď v blocích po 32, nebo samonaváděcí rakety s vlastním vypouštěcím zařízením. Dále pak bomby různé ráže a přídavné palivové nádrže. Tyto změny si vyžádaly určité zásahy do konstrukce a přidání vybavení umožňující zaměřování a odpalování zbraní. L-39V verze pro vlek střeleckého terče KT-04. Zadní pilotní kabina byla u této verze demontována a do vzniklého prostoru byl umístěn navíjecí buben lana. Pohon bubnu zajišťovala náporová turbínka pod trupem letounu. V případě nouze mohlo být lano přeseknuto hydraulickým sekacím zařízením. L-39MS, L-59 verze se silnějším motorem DV-2 a zcela jiným modernějším avionickým vybavením a některými konstrukčními změnami. L-139 tzv. "westernizovaná" verze L-39. Do letounu je zastavěn americký motor Garrett TFE - 731 - 4 a jeho avionické vybavení je plně kompatibilní se systémy NATO. L-159 "ALCA" (Advanced Light Combat Aircraft) zcela nový letoun na základě L-39. Z "třicetdevítky" byla v podstatě použita pouze konstrukce draku.