Vedci diskutujú o pôvode tejto inštitúcie. Medzi nimi nie je jednotný názor či stretnutie starších v Jeruzaleme so sv. Jakubom až do príchodu sv. Pavla alebo až ďalší vývoj stretnutí starších je prvou synodou alebo jej základom. Niektorí autori sú toho názoru, že v barbarskom období stretnutia presbyterov (starších) a ich spoločné slávenie liturgie sú základom dejín fenoménu, ktorý poznáme pod názvom diecézna synoda.
Dejiny Cirkvi v prvých troch storočiach sú predmetom ďalšieho bádania. S termínom diecézna synoda sa môžeme stretnúť v štvrtom storočí, konkrétne v konštitúcii cisárov Valenta, Graciána a Valentiniana z roku 376, v ktorej je určené, že v náboženských otázkach sa využije rovnaký systém ako pre civilné kauzy.
Treba však pripomenúť, že v štvrtom storočí jestvovali aj ekumenické, provinčné, či národné koncily a aj iné stretnutia na úrovni diecézy či farnosti.
S poňatím diecéznej synody ako stretnutia kléru diecézy na riešenie niektorých otázok praxe v službe biskupa sa prvýkrát stretávame v diele Summa super Titulis Decretalium ostijského kardinála Henricha.
V tomto poňatí sa za prvú diecéznu synodu na Východe považuje stretnutie kléru, ktoré zvolal do Alexandrie biskup Alexander roku 321 s cieľom študovať a rozhodnúť problém súvisiaci s Áriom. Ďalšie diecézne synody na východe boli až v nasledujúcom storočí, v roku 411 v Tolemaide a v roku 415 v Jeruzaleme.
Na západe sa za prvú diecéznu synodu považuje zhromaždenie diecézy v Auxerre v Gálii roku 585, ktoré vydalo 45 kánonov o vysluhovaní sviatostí a celibátu kléru. Kánon sedem napr. stanovuje dvojité zasadnutie synodálnych otcov – jedno zhromaždenie tvoria presbyteri a druhé opáti.
Do štátneho právneho poriadku sa termín diecézna synoda v uvedenom poňatí ako stretnutie kléru na dišputovanie o náboženských otázkach dostal prostredníctvom panovníka Adarika v roku 506 v právnej zbierke Lex Romana Visigothorum. Význam diecéznej synody v období šiesteho storočia je odrazom politicko-náboženského stavu doby v miestach, kde silne klesla úloha metropolitu a bývalých metropol zaniknutej Rímskej ríše. Synody sa menej rozvíjali na tých územiach, kde metropolita mal výraznejšie postavenie. V období siedmeho a ôsmeho storočia nastal poväčšine rozvoj diecéznych synod.