Před dávnými časy byly tyto díry vápencové jeskyně ve skalách nad povrchem moře, ale následkem vzestupu hladiny oceánu zapříčiněném táním ledovců (asi před 12 000 - 15 000 lety) se z těchto jeskyní staly "modré díry". Tyto vápencové jeskyně a chodby, které se často větví, směřují až k okraji pevninského prahu; některé z nich pokračují dolů skrz vápencové formace do hloubky až 500 metrů, další jsou spojeny podvodními chodbami a jeskyněmi s ostrovními jezery a nádržemi na větších ostrovech Baham, které se sice nacházejí kilometry od moře, ale přesto se jejich hladiny snižují a zvyšují v souladu s přílivem a odlivem oceánu. Stává se, že mořské ryby se objeví daleko ve vnitrozemí - byly tam zaneseny podvodními proudy tímto podmořským systémem. Jednou se dokonce stalo, že v nádrži vzdálené 32 km od pobřeží se objevil sedmimetrový žralok. Modré díry jsou v různých vzdálenostech od hladiny moře.

Potápěči informují, že uvnitř modrých děr jsou velmi silné proudy, které souvisejí s přílivem a odlivem - ty vtlačují obrovské masy vody dovnitř děr a způsobují tak efekt trychtýře se silnými víry na hladině. Takový vír může do modré díry stáhnout malou loď i s posádkou, čehož důkazem jsou menší lodě a čluny, nalezené v hloubce mezi 20ti a 30ti metry vklíněné uvnitř modrých děr. Tyto útvary a jevy s nimi spojené mohou tedy vysvětlit zmizení některých malých plavidel, ne však velkých lodí a už vůbec ne letadel. Ovšem víry jako takové jsou v oblasti Bermudského trojúhelníku obzvláště hojné. V oblasti také velmi často zuří tornáda, která vznikají v určitých obdobích a která zvedají do výšky obrovské tunely vody. Jedno či více tornád nad mořskou hladinou může na kusy rozmetat malou loď či nízko letící letadlo. Za denního světla lze tunel tornáda uvidět a vyhnout se mu, ne tak však v noci. Dalším jevem, který by mohl být odpovědný za mizení lodí, a také je z toho do značné míry podezírán, jsou slapové vlny. Ty vznikají obvykle v důsledku podmořských zemětřesení, občas i výbuchu podmořské sopky. Vznik těchto velkých vln závisí na několika podmínečných jevech: podmořských zemětřeseních a sesuvech půdy, atmosférickém tlaku, větru, bouřkách a hurikánech. Tyto obrovské vlny se mohou zničehonic objevit na klidném moři a mohou dosahovat výšky až 40ti metrů.

Dalšími nebezpečnými vlnami jsou vlny tsunami. Taktéž tyto vlny jsou způsobeny seismickými poruchami, avšak dosahují značně větších výšek - až 70ti metrů. I tyto vlny se objevují bez varování a velice snadno dokáží loď převrátit či potopit. Někdy se loď při střetu s tsunami dokonce rozlomí napůl. Velmi neobvyklé a ničivé jsou sešové vlny. Jsou to stojaté vlny, které obvykle vznikají podvodními sesuvy půdy, způsobenými oddalováním jednotlivých ker zemské kůry. Tyto menší stojaté vlny nevypadají tak dramaticky jako tsunami, jejich ničivá síla však není o nic menší - mají nesmírnou sílu díky velkým přívalům vody, které se za nimi hromadí. Jsou velmi nebezpečné i v tom, že když se přibližují, dají se hůře rozpoznat. Toto byly tedy jevy, které by mohly být odpovědné za zničení lodí. A letadla?

Tak jednak jsou to již výše vzpomínaná tornáda, ta však nejsou jediná. I v atmosféře existují jevy, které lze v určitých směrech přirovnat ke slapovým vlnám. V různých výškách vanou různé větry, a proto se může stoupající nebo klesající letadlo mnohokrát setkat se silnými větry, které vanou z jiného směru, než který určoval větrný pytel na letišti. Když je tento nečekaný vítr dost silný, může to mít pro letadlo tragické následky.

Tento faktor je označován jako "větrné smýkání" a mezi příčinami ztrát letadel všeobecně zaujímá jedno z předních míst. Zesílená forma tohoto jevu se nazývá turbulence za jasného počasí (zkratka CAT) a přirovnává se ke stojatým sešovým vlnám, protože se stejně jako ony objevuje náhle a neočekávaně za klidného počasí. Turbulence může jít buď horním nebo dolním směrem či v různých vodorovných směrech. Při nepříznivé kombinaci rychlosti a směru CAT a letu letadla je následek srovnatelný s čelní srážkou letadla s kamennou zdí. Bohužel, CAT se nedá přesně předpovědět, i když obecně platí, že se s ní lze setkat na okraji rychlého vzdušného proudění, které je ekvivalentní k mořskému proudění a pohybuje se oblohou nad zemí podobně jako třeba Golfský proud oceánem. Samozřejmě, že jeho rychlost je značně větší - oproti Golfskému proudu, který proudí rychlostí čtyř a méně uzlů, vzdušné proudění může dosahovat rychlosti až dvě stě uzlů. Právě účinkem CAT by tedy bylo možné vysvětlit zmizení některých lehkých letadel v Bermudském trojúhelníku - CAT je mohla roztrhat na kousky či svrhnout do moře.

Bermudský trojúhelník je skutečně enormně neklidná oblast a pravděpodobně za většinou zmizení stojí právě tyto neblahé přírodní vlivy. Zcela jistě však ne za všemi, protože zde pravděpodobně fungují ještě jiné vlivy, které jsou možná přírodního, možná ale také umělého původu. Wilbert B. Smith, expert na elektroniku, stál v čele výzkumného projektu o magnetismu a gravitaci, který mu zadala kanadská vláda a který proběhl v roce 1950. Podle něj se právě tyto elementy (tj. magnetismus a gravitace) podílejí na ztrátách letadel. Prohlásil, že objevil specifická, rozlohou relativně malá místa (asi 335 metrů v průměru, které se však směrem vzhůru rozšiřují a sahají do značné výšky), o kterých se vyjadřoval jako o "oblastech snížené vazby". Tyto oblasti mohou podle něj vyvolat turbulenci, schopnou roztrhnout letadlo. Tyto oblasti jsou neviditelné a nezmapovatelné, což vyplývá z následujícího zápisu, který provedl sám Smith: "Nevíme, zda se oblasti snížené vazby pohybují nebo zda po čase mizí... když jsme některé z nich hledali po třech až čtyřech měsících, nenašli jsme po nich ani stopu."