Hypotézy:

- Přirozené příčiny

Mnoho badatelů se přiklání k názoru, že naprosto všechna zmizení se dají vysvětlit přirozenými příčinami, a to buď přírodními vlivy popsanými výše, selháním lidského faktoru nebo kombinací obojího.

- Elektromagnetické poruchy

Ivan Sanderson je autorem teorie o vírech elektromagnetických poruch.
Když tento člověk mapoval zmizení lodí a letadel na celém světě, zjistil, že většina záhadných zmizení se soustředila do šesti oblastí, které mají víceméně tvar kosočtverce a zahrnují i Bermudský trojúhelník a Ďáblovo moře. Ivan Sanderson vytvořil teorii, že takovýchto míst s projevujícími se anomáliemi je na světě celkem 12 a rozkládají se v dvaasedmdesátistupňových intervalech po celé zeměkouli. 10 z nich je na 36.stupni severní či jižní šířky - tedy 5 na jižní a 5 na severní polokouli a zbylá dvě jsou na obou pólech. Největší věhlas Bermudského trojúhelníku vysvětluje tím, že právě v něm je provoz nejhustší a tím pádem zmizení nejčastější. Právě elektromagnetické poruchy s největší pravděpodobností zapříčiňují bláznění kompasů a nefunkčnost palubních přístrojů.

- "Okna"

Dr. Michael Persinger, vědec specializující se na výzkum elektromagnetických a jiných energetických polí a jejich působení na lidský mozek, je autorem teorie tzv."oken". On a jeho tým přišli s představou tzv. tranzientů, což mají být malé "bubliny" elektrické energie, které volně plují atmosférou podél magnetických polí. Ty mohou vzniknout řadou geofyzikálních procesů a jsou většinou neviditelné. Obvykle se dají odhalit jenom podle účinků, které způsobují, když mozek absorbuje jejich energii a reaguje na ni. Právě v místech, kde jsou údajně "okna", se tyto tranzienty vyskytují ve velkém množství. Bermudský trojúhelník je považován za oblast s "oknem", a právě vzduchem plující tranzienty při střetu s lodí či letadlem mohou zapříčiňovat poruchy přístrojů. Je docela dobře možné, že kov tyto útvary přitahuje. Navíc "okna" jsou prý i branami do jiného časoprostoru, čímž by se dala vysvětlit zmizení beze stopy - dopravní prostředky mohly "oknem" vstoupit do jiného časoprostoru, ze kterého se už nevrátily. Tato teorie také určitým způsobem vysvětluje aspekt UFO - Dr. Persigner zastává myšlenku, že pozorované svítící koule nemusí být UFO, jak se všeobecně předpokládá, ale mohou to být planoucí tranzienty, které se vznáší vzduchem. Obě předchozí hypotézy mají hlavní prvek společný - za příčinu mizení považují elektromagnetické anomálie. Toto vysvětlení je velmi pravděpodobné, jelikož fakt, že silné magnetické pole může zapříčinit "zmizení" nějaké hmotné věci, dokázal tajný experiment Philadelphia, který americké vojenské námořnictvo uskutečnilo v r. 1943. Tento pokus vycházel z Einsteinovy "teorie sjednoceného pole", která říká, že časoprostor a energie hmoty nejsou oddělenými jednotlivinami, ale jsou proměnlivé za stejných podmínek elektromagnetických poruch. Jinými slovy, změna magnetického pole může zapříčinit změnu určitých aspektů hmoty.

Při tomto pokusu, kde se snažili o zmizení torpédoborce Philadelphia působením silného magnetického pole, se objevilo mlhavé nazelenalé světlo, které je často hlášeno také z Bermudského trojúhelníku lidmi, kteří se dostali do nesnází, přičemž tato podivná světélkující "mlha" měla zřejmě hodně společného s poruchami přístrojů. Teorie elektromagnetické energie jako příčiny se dotýká i lidských selhání - bylo zjištěno, že osoby, jejichž duševní stav ovlivnily silné magnetické proudy, mohou ztratit kontrolu nad letadly nebo loděmi a tím způsobit jejich zřícení nebo potopení, anebo že takto postižení lidé mohou loď v důsledku silného psychologického stresu opustit (jinými slovy naskákat do moře). Je však nutno říci, že lidé, kteří přežili setkání s podivnými jevy v trojúhelníku, si na žádné duševní poruchy nevzpomínají. Teorie magnetických anomálií taktéž podporuje domněnky o časoprostorových deformacích či zborceních. Není jisté, zda elektromagnetické poruchy v Bermudském trojúhelníku jsou stálé nebo je musí něco aktivovat.