V sezóne 2000-01 s klubom uzaverel novú zmluvu, s ročným príjmom 650 000 dolárov.

V základnej časti sezóny 2002/03 dokázal streliť 45 gólov, čím prekonal klubový rekord ruského hokejistu Alexeja Jašina, zároveň bol tretím najlepším strelcom NHL. V tejto sezóne (10. marca 2002) strelil v zápase proti Phoenixu jubilejný 100. gól v NHL. V poslednej sezóne, ktorú odohral za Ottawu (2003/04) bol s 36 gólmi najlepším strelcom mužstva v základnej časti a celkovo dosiahol 82 kanadských bodov, čo bol najlepší výsledok v tíme. Najúspešnejším strelcom bol aj v play-off tejto sezóny.

Atlanta Trashers
Marián Hossa bol jedným z mála hokejistov, ktorým sa po uzavretí novej kolektívnej dohody medzi hráčmi a majiteľmi klubov NHL po ročnom lockoute, plat neznížil, ale naopak zvýšil. Po dlhých rokovaniach 23. augusta 2005, posledný deň pred vypršaním termínu, jeho klub Ottawa Senators súhlasil s podpisom zmluvy na tri roky za 18 miliónov dolárov. Na sezónu 2005/06 mal tak zaručený príjem 5 mil. USD, čím sa stal najlepšie plateným slovenským hokejistom v NHL. Už o niekoľko hodín po podpise ho však prekvapujúco vymenili do Atlanty Thrashers za Danyho Heatleyho s trojročným platom 13,5 milióna dolárov. Po siedmich sezónach v Ottawe, počas ktorých sa Hossa stal jedným z jej najdôležitejších hráčov, tak zmenil svoje pôsobisko. Práve výmena medzi týmito dvoma hokejistami patrí medzi najväčšie v histórií NHL, vtedajší kapitán Ottawy Daniel Alfredsson opísal oboch hokejistov ako rozdielnych, ale produktívnych hráčov.

Hossa odohral svoj prvý zápas za Thrashers 22. septembra 2005, bol to prípravný zápas v ktorom Atlanta podľahla Floride Panthers 3:4. V prvej sezóne v Atlante si Hossa so ziskom 92 bodov vytvoril svoje bodové maximum. Atlante však playoff aj kvôli zraneniu brankárskej jednotky Kariho Lehtonena ušlo o dva body. V nasledujúcej dosiahol ako prvý hráč Thrashers v histórií 100 bodov za sezónu a zároveň sa stal prvým Slovákom, ktorému sa to podarilo v ére samostatného Slovenska. V rebríčku produktivity celej NHL skončil šiesty. V 1. kole play-off sa stretol so svojím bratom Marcelom z New Yorku Rangers, Atlanta bola vyradená hladko 0:4 na zápasy.

Po sezóne bol nominovaný aj na rôzne ocenenia v NHL. V hlasovaní o Hart Trophy získal 10. miesto.

Pittsburg Penguins
Mariánovi Hossovi na konci sezóny 2007/08 končila zmluva. Ku koncu februára bolo jasné, že sa s Atlantou na novom kontrakte nedohodne a tak ho čakal prestup iného klubu. Záujem prejavili viaceré kluby NHL (ako San José Sharks, Detroit Red Wings a Montreal Canadiens). Nakoniec ale v posledný možný termín pred koncom prestupového obdobia bol spolu s krídelníkom Pascalom Dupuisom vymenený Pittsburghu za Colbyho Armstronga, Erika Christensena, Angela Esposita a právo výberu v prvom kole draftu. Hossa mal popri mladíkoch Sidneym Crosbym a Jevgenijovi Malkinovi pomôcť tučniakom v play off. 28. februára debutoval za Penguins v zápase proti Bruins. Po približne 10 minútach si ale po zrážke s Glenom Murrayom zranil koleno a zápas nedohral.