CENTRALIZAČNÉ POKUSY FERDINANDA HABSBURSKÉHO
On a jeho nástupcovia sa usilovali vybudovať jednotnú centralizovanú ríšu. Snažili sa brzdiť odstredivé snahy českej a uhorskej šľachty. Odboj českých stavov a miest potlačil v roku 1547 v Uhorsku iný prístup. Tu Turci viazali vojenské uhorské sily a Ferdinand nemohol proti šľachtickej opozícii tak tvrdo postupovať, ako v Čechách. Do Bratislavy sa presťahovali ústredné úrady (lebo Budín bol roku 1541 dobytý) – aj Uhorská komora, ktorá mala na starosti vyberanie daní od poddaných a miest, správu kráľovských majetkov a vyberanie ciel. Pôsobila tu aj Uhorská kancelária, administratívnno-správny orgán, Miestodržiteľská rada – v mene panovníka spravovala Uhorsko – členmi boli cirkevní hodnostári, panovník im dôveroval viac ako šľachte. Vojenské velenie – Viedenský dvor – ten v Uhorsku zriadil 2 kapitanáty. Ferdinand dlho neobsadzoval funkciu – PALATÍNA – po kráľovi najvyšší hodnostár krajiny. Táto funkcia predstavovala uhorskú stavovskú monarchiu – preto uhorská šľachta nebola nadšená centralizačnými opatreniami. Ferdinand ale dodržiaval výsady šľachty, najmä jej nezdaniteľnosť.

15-ROČNÁ VOJNA, BOČKAJOVO POVSTANIE
Strategickým cieľom tureckých vojsk bolo dobytie stredoslovenských banských miest – vláda vo Viedni zriadila funkciu kapitána banských miest so sídlom na Zvolenskom zámku. V roku 1593 prepukla otvorená vojna medzi Osmanskou ríšou a Habsburgovcami (15 rokov). Hranicou pomedzia sa stabilizovala na rieke Ipeľ
Zajatie Habs. Turkmi využil sedmohradský veľmož Štefan Bočkaj – 1604 – 1606 sa postavil na čelo prvého povstania proti Habs. v Uhorsku. Maximilián II. (1564 - 1576) po Ferdinandovi bol tolerantný v náboženských otázkach, Rudolf II. (1576 - 1608) tvrdo postupoval proti protestantom v Košiciach v roku 1604 násilne odobrali evanjelikom košický dóm – to vyvolalo odpor nekatolíckych stavov na čele so Štefanom Bočkajom – Bočkaj aj s Turkmi obsadil takmer celé Slovensko. Pokúsil sa preniknúť na Moravu, ale neúspešne. Povstanie skončilo podpísaním mieru vo Viedni v roku 1606. Bol podpísaný aj mier s Osmanskou ríšou pri ústí rieky Žitavy.
Viedenský mier zaručil uhorským nekatolíkom náboženskú slobodu; Matej II, ktorý nastúpil po Rudolfovi – rozšíril náboženskú slobodu zo šľachty na mešťanov aj poddaných – obnovil úrad palakéna, posilnilo sa postavenie vysokej šľachty, uhorský snem sa do roku 1848 delil na dve komory:
- snemovňa magnákov
- snemovňa šľachty

REFORMÁCIA A PROTIREFORMÁCIA
Ideovými nositeľmi reformácie boli duchovní a učitelia v mestách, poddaní sa pridávali k reformácii podľa toho, na čiej strane stál zemepán – podľa zásady „koho je vláda (panstvo), toho je náboženstvo“. Na Slovensku sa presadila umiernená forma lutherovej reformácie, na J medzi Maďarmi – kalvinizmus, šľachta videla v zaberaní (sekularizácii) cirkevného majetku možnosť obohatiť sa. V tureckom zábare sa najrýchlejšie šírila reformácia, lebo Turkom vyhovovalo, že boli v opozícii proti katolíckemu habs, dvoru. Na rozdiel od Nemecka a rakúskych krajín v Uhorsku Ferdinand Nepostupoval príliš tvrdo – bral ohľady na šľachtu, ktorú si chcel získať, na nemecké obyvateľstvo miest, ktoré bolo hlavnou oporou jeho moci.
Súčastne s lutheranizmom sa na strednom Slovensku a Spiši šírili aj sekty, najmä NOVOKRISTENCI; na Z Slovensku – remeselníci, tkáči, hrnčiari – HABÁNI.
Katolíci vytýkali protestantom, že ich učenie je nesúrodé, neucelené, preto predstavitelia piatich Vslovenských miest poverili rektora bardejovskej mestskej školy – Leonarda Stockela – zostavil vierovyznanie – CONFESSIO PENTAPOLITANA, vierovyznanie 7 stredoslovenských banských miest – CONFESSIO HEPTAPOLITANA, spišské vierovyznanie – CONFESSIO SCEPUSIANA.

Spoločné odchyľovanie od učenia katolíckej cirkvi:
- požiadavka ženby kňazov
- prijímanie pod oboma spôsobmi (Ferdinand podporoval pred pápežom)
Vznik cirkevnej organizácie evanjelikov na Slovensku – organizačne bola dobudovaná evanjelická cirkev na synode v Žiline (1610) a synode v Spišskom Podhradí (1614) – evanjelici sa vymanili spod područia katolíckej cirkevnej hierarchie.
S rekatolizáciou začal ostrihomský arcibiskup MIKULÁŠ OLÁH – hneď po nástupe do svojej funkcie – presadzoval náboženskú toleranciu a proti protestantizmu chcel pôsobiť poučovaním, vzdelanosťou, podporou školstva, vydávaním kníh. Dôležité pôsobenie na mládež – do Trnavy povolal roku 1651 jezuitov; pokračovali PETER PÁZMÁŇ – 1635 založil univerzitu v Trnave; jágerský biskup BENEDIKT KIŠDY – zriadil v roku 1657 univerzitu v Košiciach; protestanti – zriadili v Prešove kolégium s vyššími triedami.

Niektorí predstavitelia českej protestantskej inteligencie sa po porážke na Bielej Hore usadili na Slovensku – výhodnejšie náboženské pomery pre protestantov – tu boli aj vďaka stavovským povstaniam – Juraj Tranovský vydal evanjelický spevník – CITHARA SANCTORUM. Benedikt Sološi vydal katolícky spevník CANTUS CATHOLICI. Viedenský dvor sa snažil protihabs. povstania šľachty využiť na to, aby mohol presadzovať násilnú rekatolizáciu – nedarilo sa to úplne.
Šopronský snem (1681) povolil protestantom v každej stolici postaviť dva tzv. artikulárne kostoly; v mestách si mohli postaviť na okraji drevené a bez veže. V roku 1687 jezuiti – domovské právo v Uhorsku. Rekatolizácia v 17. a 18. storočí bola úspešná aj preto, že katolíci pôsobili duchovnými aj umeleckými prostriedkami na široké vrstvy. Evanjelické bohoslužby boli strohé – pôsobili slovami na veriacich viac ako emóciami.