Jačmeň šľachtíme aj na odolnosť proti chorobám a niektorým škodcom. Napádajú ho najmä hrdze a sneti, múčnatka, pruhovitosť a zunčavka jačmenná.
Na jačmeni škodí z hrdzí najmä hrdza trávna, hrdza plevová, jačmenná. Zo snetí sa na jačmeni vyskytuje prašná sneť jačmená, tvrdá sneť jačmenná, mazľavá sneť jačmená. Ďalej je to pruhovitosť jačmenná, múčnatka ako i fuzariózy. Zo škodcov škodí hlavne zunčavka jačmenná.
Z genetických štúdií odolnosti jačmeňa proti múčnatke a hrdziam vyplýva, že táto je veľmi často jednoducho geneticky podmienená. Ide obyčajne o dominantnú, monfaktoriálnu dedičnosť. Pri mutáciách má odolnosť obyčajne recesívny charakter. V prípade dominancie je F1 generácia rezistentná. Pri recesívnom type rezistencie F1 generácia je náchylná a až od F2 generácie zistíme i rezistentné typy rastlín. Keď použijeme pre kríženie kultúrne odrody ako zdroje rezistencie, skúmame až F3 generáciu na rezistenciu po umelej infekcii. Pri použití menej vhodných komponentov z hospodárskeho hľadiska ako zdrojov rezistencie (krajové odrody, primitívne alebo divé formy) sa osvedčila metóda konvergentného kríženia. V tomot prípade je pri sladovníckom jačmeni zvlášť dôležité prekonanie väzieb medzi rezistenciou a vlastnosťami, ktoré znižujú alebo znehodnocujú sladovnícku hodnotu jačmeňa.

Metódy šľachtenia jačmeňa
Tak ako pri iných plodinách i pri jačmeni v minulosti vznikali nové odrody hlavne metódou výberu z krajových odrôd. Napr. tak bola získaná odroda Nemčinovská z odrody Maja.

Nové odrody vznikali neskôr metódou kríženia, pre ktorú je jačmeň výbornou plodinou. Hybridizácia je doteraz hlavná šľachtiteľská metóda. Jačmeň patrí ku plodinám s kleistogamickým kvitnutím. Pri väčšine odrôd kvitnutie prebieha v čase, keď je klas ešte zakrytý v listovej pošve. Generatívne orgány sú v tom čase veľmi jemné a citlivé na kastráciu, najmä pri dvojradových jačmeňoch. Kastrujeme len stredných 10 kvietkov klasu. Tieto sú najlepšie vyvinuté. Na 2-3 deň opeľujeme. Pritom ani klas a ani jeho orgány neporaníme. Získame tak hybridné semeno, ktoré je plnšie a má vyššiu poľnú vzchádzavosť.
Pri kŕmnom jačmeni máme záujem na zvýšení obsahu bielkovín. Niekedy sa do kríženia používa ako zdroj vyššieho obsahu bielkovín nahý jačmeň (24% bielkovín). Plevnatosť je znak monofaktoriálny a dominantný. To umožňuje výber nahých typov už v F2 generácii. Výber plevnatých foriem je lepšie ponechať na neskoršie generácie, kedy percento dominantných homozygotov bude vyššie.
I pri jačmeni sa bude v perspektíve s najväčšou pravdepodobnosťou používať heterózne šľachtenie a heterózne osivo na báze využitia peľovej sterility. Heterózny efekt je rôzny. Pri niektorých kombináciách je ekonomicky výhodný. Rôzne kombinácie poskytujú v F1 generácií oproti výkonnejšiemu rodičovi úrody 52,9 – 141,0% (het. efekt. – 47,1% až + 41,8%).

Prof. Ing. J. Boháč, CSc. 1990: Špeciálne šľachtenie poľnohospodárskych plodín, Nitra: Vysoká škola poľnohospodárska v edičnom stredisku VŠP, 272 s.