Prvotná telesná dutina gastruly a druhotná telesná dutina navzájom splynú-mixócel. Vzniká hlava, hruď a bruško, prípadne hlavohrud alebo výnimočne všetky tri časti tvoria jeden celok (napr. roztoče).Telo článkonožcov je pokryté pokožkou na ktorej je bielkovinová kutikula prestúpená uhličitanom vápenatým alebo kremičitým U niektorých jedincov nastala premena predných končatín na tykadlá a hryzadlá, pričom typické končatiny na hrudi. Na chrbtovej časti sa vyskytuje jeden alebo dva páry krídel.Tráviaca sústava začína ústnym otvorom, ktorý je rôzne modifikovaný v závislosti od spôsobu výživy (hryzavý, bodavý, sací a pod.).Dýchacie orgány sú rozmanité. Niektoré dýchajú celým povrchom tela, iné tvoria žiabre, pľúcne vaky alebo vzdušnice.Cievna sústava je druhotne otvorená. Druhy, ktoré dýchajú vzdušnicami, majú cievnu sústavu silne potlačenú a zostáva z nej len chrbtová cieva.Rozmanité je aj vylučovanie článkonožcov. Môžu nimi byť tykadlové (antenálne) alebo čeľustné žľazy alebo malpigiho žľazy.
Väčšina článkonožcov je oddeleného pohlavia.
Podkmeň: trilobity
poznáme len zo skamenelín. Telo bolo dvoma pozdĺžnymi brázdami rozdelené na tri laloky a bolo rovnomerne článkované. Každý článok niesol pár dvojvetvových končatín. Podkmeň: klepietkavce
majú hlavu s hruďou zrastenú do hlavohrude. Prvý pár končatín tvorí článkované klepietka a druhý pár tvorí po bokoch úst hmatadlá. Tykadlá vyvinuté nie sú. Dýchajú žiabrami, pľúcnymi vakmi alebo vzdušnicami.
Podkmeň: kôrovce
Najväčšou triedou žiabrovcov (Branchiata) sú kôrovce (Crustacea). Sú to väčšinou vodné živočíchy, ktoré dýchajú žiabrami, zriedka celým povrchom tela. Vyznačujú sa obyčajne dvoma pármi tykadiel a dvojitými končatinami Táto trieda sa rozdeľuje na viac podtried: žiabronôžky, lastúrničky, veslonôžky
Podkmeň: hmyz
Telo hmyzu je dvojstranne súmerné, nerovnomerne článkované - tvorí ho hlava, hruď a bruško.Hlava hmyzu je zrastená zo 6 článkov zložené oči. Na temene sa niektorým skupinám hmyzu zachovali jednoduché očká. Tykadlá- čuch a hmat. Ich tvar je rôzny. Základný typ ústneho orgánu hmyzu je hryzavý, pri mnohých skupinách sa však vyvinuli špecializované ústroje - bodavo-cicavé (bzdochy), cicavé (včely, motýle), lízavé (muchy).Hruď hmyzu je tvorená z 3 článkov (predohruď, stredohruď, zadohruď). Na každom hrudnom článku je jeden pár pravých končatín slúžiacich na pohyb. Stredohruď a zadohruď krídlovcov má po jednom páre krídel. Obidva páry krídel sú zriedka rovnaké.