Ukázalo sa, že vnútropolitický život ČSR ho nikdy natoľko nepútal ako zahraničná politika. Ani mu nikdy poriadne nerozumel. Orientoval ČSR najmä na spojenectvo s Francúzskom, s malodohodovými krajinami a od polovice 30. rokov aj so Sovietskym zväzom. Snažil sa získať pre svoju politiku aj podporu Vatikánu. S jeho pomocou si naklonil aj opozičných politikov Hlinkovej slovenskej ľudovej strany ( HSĽS ), aby podporili jeho kandidatúru na prezidenta. Do tejto funkcie nastúpil v ťažkej dobe, keď bola ČSR ohrozená neskrývanou agresiou fašistického Nemecka. V tejto situácii Beneš upevňoval pozície armády. Snažil sa pomáhať pri jej modernizácii, pri prezbrojení československých branných síl najmodernejšou výzbrojou a pri výstavbe opevnení na hraniciach štátu. Až počas politickej krízy na jeseň v roku 1938 docenil význam spokojného Slovenska pre ukľudnenie situácie v celej ČSR. V septembri 1938 v rámci rokovaní s delegáciou Hlinkovej ľudovej strany, ktorú viedol Dr. J. Tiso, uznal oficiálne existenciu samostatného slovenského národa. Bol ochotný rokovať o autonómii Slovenska a o takej spoluúčasti Slovákov na politickej moci ČSR, ktorá sa približovala predstavám delegácie HSĽS. Agresivita a urýchlený vývoj medzinárodnej situácie v prospech fašistického Nemecka, ako aj nechuť západných demokratických mocností radikálne zasiahnuť do riešenia konfliktu medzi Nemeckom a Československom priniesli Benešovi sklamanie. Zrútili sa všetky jeho predstavy o zahraničných oporách malého demokratického štátu, ohrozeného fašistickým susedom. Padli všetky oporné piliere jeho zahraničnej aj vnútornej politiky. Cítil sa zradený a bezradný.
Po podpísaní dohody štyroch veľmocí v Mníchove v septembri 1938 sa vzdal funkcie prezidenta a emigroval do zahraničia, kde po čase vytvoril emigračnú československú vládu. Spolu s Benešom odišli do zahraničia aj mnohí predstavitelia politických strán, velitelia československej armády a jednoduchí vojaci. v zahraničí vytvoril základ československých vojenských jednotiek, ktoré bojovali na frontoch druhej svetovej vojny proti Nemecku a jeho spojencom. .