H. Frank provedl po Pražském hrade, konala se vojenská prehlídka. Heydrich zacal okamžite tvrde vládnout, vyhlásil stanné právo a zrídil zvláštní soudy, které hned vynesly nekolik absolutních trestu. Také nechal zatknout predsedu dosavadní protektorátní vlády generála Eliáše. Jeho obvinení se vztahovala na velezradu a zemezradu. Generál byl prevezen do Berlína pred lidový soud a byl odsouzen k smrti. Zatím však byl veznen jen jako rukojmí, popraven byl až v prubehu heydrichiády. Tesne pred svou smrtí byl Nemci donucen vydat prohlášení vyzývající Cechy ke spolupráci s ríší. Ješte pred ním odešli na popravu dva ceští generálové, jíž déle veznení a též obvinení z velezrady - armádní generál Josef Bílý a generál major Hugo Vojta. Došlo také k prvním popravám 4 odbojáru. Den za dnem vlády nového protektora pribývaly další a další popravy. Obetmi se stávají jednak odbojári komunisté, ale také lidé nejak napojení na vládu v Londýne.
Strílení do lidí bylo však jen pouhou krvavou kulisou pro to, co Heydrich považoval za svuj hlavní úkol, tedy konecnou germanizaci ceského prostoru. Po vyhrané válce mela být ceská kotlina osídlena výhradne Nemci nebo ponemcenými Cechy. Ti ostatní (približne 2/3) budou tou dobou již nekde v Rusku za polárním kruhem okopávat zmrzlou pudu pro Nemecko a nebo z nich zbude v horším prípade jenom popel. Nicméne tak daleko doba však ješte nepokrocila. Nejprve je totiž treba vyhrát válku. Nemecko sice porád vyhrává, jeho pancérové armády stojí soucasne pred Moskvou a Alexandrií, ale také ví, že má proti sobe mocné protivníky, proti kterým bude muset nasadit úplne všechno co má k dispozici. K dispozici je celá Evropa vcetne ceského protektorátu. A to je nyní Heydrichovým prvoradým úkolem, zmobilizovat veškerou možnou výkonnost protektorátu pro válku. Ceši nemohou nastoupit na frontu, ale mohou vyrábet zbrane, pestovat potraviny. Pro to vše jsou tu vhodné podmínky. Za bývalého protektora to ale s produktivitou práce nevypadalo dobre. Delníci sabotovali práci, simulovali nemoci a nechodili do práce. Casto k tomuto výctu pribyla ješte nejaká ta sabotáž. Tomu však Heydrich po svém nástupu rychle zamezí. Použije známou metodu cukru a bice (tvrde trestat odboj a vysoce odmenovat kolaboraci). Brzy po svém príjezdu prijme delegaci ceských delníku a velmi pozorne vyslechne jejich prání. Už predtím se postaral o to, aby v továrnách byly zvýšeny prídely tuku a cigaret.